Слово совсем лишнее, в остальном предложение составлено верно.
В обоих случаях ставить запятую не нужно.
Верно со строчной: о чем и предупреждал директор департамента полиции.
Правильное управление: понимать что (полный охват предмета действием, например: я понимаю живопись) и понимать в чём (частичный охват предмета действием, например: я понимаю кое-что в живописи). Понимать о чём – неправильно. В приведенном Вами примере слова о том лишние. Правильно: понимать, что он говорит.
Запятая ставится.
Запятая перед чем не нужна.
Крыться – глагол первого спряжения: В чём же кроются причины?
Запятая нужна перед чем. Однако предложение составлено не вполне корректно, его следует перестроить, например: Я начал пить больше воды, чем обычно или Я начал пить воду чаще, чем обычно.
Возможны оба варианта.
