Запятая между союзами нужна. Обратите внимание: предложение построено неудачно – местоимение она может быть соотнесено со словом чашка.
Пунктуация зависит от смысла. Подробное объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".
Корректно: верхушка легких немного, на 1-3 сантиметра, выступает за ключицу.
См. в Проверке слова.
Во всех приведенных примерах предпочтительно поставить запятую.
Нет, такое употребление некорректно.
Корректно: не брать на себя ответственность за...
Знаки препинания расставлены верно.
Нет оснований выделять частицу типа запятыми на письме. Сравним пунктуацию при схожей с ней по смыслу частице якобы.
Если ударение падает на окончание (Черныша, Чернышу...), то форма творительного падежа: Чернышом. Если ударение не падает на окончание (Черныша, Чернышу...), то форма творительного падежа: Чернышем.