Правильным, строго говоря, является полный падежный вопрос: кто / что?, кого / чего? и т. д. Только задавая полный вопрос, мы можем обезопасить себя от ошибки в определении падежа, не спутав родительный с винительным или именительный с винительным.

Если же вас интересует, в одушевленном или неодушевленном качестве мыслится рыба, то можно сказать следующее.

Рыба — одушевленное существительное. Но одиночный вопрос кого? (уже не падежный, а смысловой) является осмысленным только в том случае, когда речь идет об одной определенной особи — например, о той рыбе, которую ловил старик в повести Э. Хемингуэя «Старик и море». Сходным образом в повести В. Астафьева «Царь-рыба» речь идет тоже об определенной рыбе (особенно с того момента, когда она попалась на крюк). Применительно к подобным ситуациям можно спросить, кого именно ловил человек. Когда же речь идет просто о ловле рыбы (Старик ловил неводом рыбу), ловят что, а само существительное рыба употребляется в собирательном значении.

Да, можно.

В предложении "Командир, не хочу вам мешать, но позвольте я кое-что скажу?" слово "позвольте" не нуждается в обособлении.  

Это сложноподчиненное предложение, в котором придаточная часть (изъяснительная) находится перед главной частью и присоединена к ней союзом-частицей ли. Поскольку в начале придаточной части находится сочетание союза и частицы а вот, перестановка частей невозможна (сравним: *По сей день остаётся загадкой, а вот может ли она летать на самом деле), между частями предложения нужно поставить тире: А вот может ли она летать на самом деле — по сей день остаётся загадкой.

Вы правы, фразу нужно отредактировать.

Верно слитное написание.

Да, фраза построена правильно.

В данном случае подлежащее — мы с товарищем.

Во всех перечисленных случаях кавычки не требуются.

Употребление пока не устоялось, можно найти доводы в пользу обоих вариантов.