Правильно: на озере Байкал. Названия озер не склоняются в сочетании с родовым словом озеро. Исключение составляют случаи, когда топоним выражен прилагательным: на Онежском озере.

Слово ротный в кавычки заключать не надо (это стилистически нейтральное слово, употребляемое в привычном значении). Что касается слов дембель и гражданка, то, поскольку это слова разговорно-просторечные, кавычки могут быть уместны (постановка кавычек даст возможность употребить разговорные слова в «серьезном» тексте).

Верно: такие выдающиеся ученые XX века, как Иванов и Петров, восприняли ее.

Слова такие как сопровождают ряд однородных членов после обобщающего слова, в данном случае это слово пиратов. Этот ряд имеет поясняюще-конкретизирующее значение и потому нуждается в обособлении. Справочники обращают внимание на то, что в подобных случаях после слов такие как не требуется двоеточие. Следовательно, корректно: Множество знаменитых пиратов, таких как Уильям Кидд, Роберт Друри и др., жили на острове и грабили купцов.

Деепричастный оборот обособляется по основному правилу: А выходить в открытое море стоит, уже обладая определенными навыками.

Это примеры сочетаний союза и вводного слова в начале предложения. Соответственно, их пунктуационное оформление регламентировано правилами постановки знаков препинания при вводных конструкциях, в частности параграфом 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Этими правилами не предусмотрены никакие знаки помимо запятой. Вместе с тем исследования показывают, что при вводном слове, если оно находится в начале предложения, части сложного предложения или обособленного оборота, возможна не только запятая, но и тире или двоеточие, что обусловлено коммуникативными факторами. 

Корректны оба варианта, так как при существительных женского рода в сочетаниях с числительными два, три, четыре прилагательное может выступать в форме как родительного, так и именительного падежа. См.: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов. 

Традиция в употреблении имен собственных — вещь, которую очень нелегко переломить. Однако нужны специальные исследования для того, чтобы подтвердить непререкаемость такой традиции. Так, словарь Е. А. Левашова "Географические имена. Трудные случаи употребления" (2003) однозначно фиксирует: в Туголесском Бору.

Слова сладость и горечь невозможно разделить запятой, так как определение пахучую и дополнение женской косметики относятся к обоим этим словам.