Спасибо за вопросы!
Вы указываете на одно из самых трудных и противоречивых мест в русском правописании. Сперва о кавычках. Принципиальной разницы между сочетаниями профессия "сварщик" и специальность "математика" нет, такие сочетания желательно писать единообразно. (Впрочем, все же есть одно различие: можно составить грамматически корректное согласованное сочетание профессия сварщика и нельзя составить согласованное сочетание специальность математики; это уже трудность в области грамматики, а не в области орформления текста, хотя последнее проистекает из первого).
А как единообразно - давайте исходить из складывающейся практики письма. Если приложение - изменяемое, склоняемое слово, то в случае падежного рассогласования и возникают кавычки, которые выступают именно как графический знак рассогласования. Поэтому на практике возникают такие сочетания, как по специальности "математика", по профессии "сварщик" и т. п. Сочетания же стиль + люкс, ретро, поп, ампир, барокко и другие - это сочетания с неизменяемыми приложениями, для того чтобы дополнительно отметить эту неизменяемость, кавычки не нужны.
Это полярные случаи. Названные же Вами примеры - промежуточные между двумя полюсами, поэтому в них и наблюдается оформительский разнобой.
Теперь о запятых. Корень проблемы - в том, что считать главным, а что зависимым словом в словосочетании, ведь словосочетание подразумевает подчинительную связь между своими частями, между входящими в него словами. Таким образом проблема вновь выходит из чисто пунктуационных рамок и передвигается в сферу грамматики, то есть устройства текста, его структуры, логических отношений между словами. А эти логические отношения выстраиваются автором текста, автором мысли, сообщения. И поэтому конечное решение - при выборе одного из возможных (подчеркнем: возможных, т. е. логически непротиворечивых) вариантов - за автором текста.
Запятая не нужна.
Неясен смысл сочетания: науке наук уголовном праве. Пожалуйста, поясните.
Это хорей: Пишут мне, что ты, тая тревогу...
Корректным будет раздельное написание (т. е. с пробелами).
Можно сказать: его непосредственными учениками являются...
1. (кого-что).
Не поставить чего-л. в вину кому-л.; извинить, проявив снисходительность. П. все грехи. П. обиду, предательство, оскорбление. П. за шалость, за ошибку, за опоздание. Никогда ему этого не прощу. Не мог себе п., что отпустил её. Простите, ей-ей, не виноват. П. от души, от всего сердца. Великодушно п. кого-л. Прости ближнего своего.
2. что кому.
Освободить от какого-л. обязательства. П. долг приятелю. П. колхозу задолженность. ◊ Прости господи! (см. Господь). < Простите (см.). Прощать, -аю, -аешь; нсв. Прощаться, -ается; страд. Прощение (см.).
ИЗВИНИТЬ, -ню, -нишь; извинённый; -нён, -нена, -нено; св. кого-что.
1. (за что, также с придат. дополнит.).
Проявить снисходительность, не поставить в вину чего-л.; простить. Прошу извинить за беспокойство, за навязчивость, за опоздание, за грубость. И. друга, брата. И. чью-л. глупость, чьё-л. невежество. Извините, что заставил вас подождать. Извиним ребёнку его любопытство. Извините за выражение (разг.;
употребляется при введении в разговор резких, грубых слов).
2. чем.
Признать заслуживающим снисхождения в силу чего-л.; оправдать. И. опоздание болезнью, рассеянностью, бессонницей. Взятку нельзя и. бедностью. < Извинять, -яю, -яешь; извиняющий; нсв. Извиняться, -яется; страд. Извини; извините, в зн. межд. Разг.
Выражает протест, несогласие с чем-л., отказ в чём-л. Сходишь в магазин? - Нет уж, извини! У него высшее образование. - Извините! Это не так.
Если уж использовать слово "хартия", то с таким управлением: "Хартия чистого Интернета".
Вправду - наречие, характерное для разговорной речи, обособление не требуется: Вот уж и вправду Донецк – угольная столица.
Орфографически верно: Европейский союз.