Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).

Слово урок — один из ключевых, базовых методических терминов. Едва ли есть основания говорить о «недавно возникших» нормах его употребления. Вероятно, вопрос заключается в другом: в степени усвоения методической терминологии, в знании норм ее уместного и точного употребления в той учебной сфере, о которой идет речь. Стандартная «школьная» фраза — на уроке вы узнаете. Сочетание в уроке может быть использовано при обсуждении самых разных аспектов «внутреннего» устройства учебного занятия.

Фамилию нужно склонять (и мужскую, и женскую).

Третий вариант корректен, поскольку, судя по контексту, здесь не приводится дословно чья-то речь: Короткий ответ — да.

Оба варианта корректны, однако предпочтителен вариант ничто не могло ее остановить.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Предлог на используется в сочетании со словом тема: вариация на тему. Ваш пример не кажется удачным. 

Правильно только: базироваться на чём-либо.

В профессиональной речи финансистов встречаются обороты без предлога. Вместе с тем рекомендуем уточнить особенности употребления термина депозит в специальной литературе.