В склонении японских фамилий, оканчивающихся на -А, наблюдаются колебания. Однако чаще такие фамилии все же склоняются. Решать Вам.

Форма управления «доказать о том» является устаревшей, оценивается как просторечная и не соответствует современным нормам русского языка. Хотя на протяжении XIХ — первой трети ХХ века она была распространена: Признаюсь, у меня было сильное желание, чтобы кто-нибудь из сыновей был легко ранен; это бы вернуло его к нам и заодно доказало о добросовестной службе в строю [К. К. Романов. Дневники. Воспоминания. Стихи. Письма (1914)]. 

Начнем ответ все же со ссылки на словарную фиксацию: Джек-потрошитель. Теперь попробуем объяснить это написание. Существительное, присоединяемое к имени собственному и указывающее на какую-то характеристику носителя имени, является приложением и пишется через дефис, например: Иван-дурак, Иван-царевич, Марья-искусница, Соловей-разбойник, Человек-невидимка, Зевс-громовержец, Николай-угодник. Если характеристика, выраженная в приложении, воспринимается как прозвище (часть индивидуального имени), то написание меняется, ср.: Иван Воин, Николай Чудотворец. Возможность трактовать слово и как приложение, и как прозвище приводит в некоторых случаях к колебаниям в написании, ср.: Бова-королевич и Бова Королевич, Иван-царевич и Иван Царевич. Написание имени конкретного исторического лица, персонажа закрепляется в словарях, рекомендациям которых нужно следовать. 

Слово коронавирус, как многие медицинские термины, было заимствовано из медицинской латыни. Сначала оно использовалось только в узкой профессиональной сфере, естественно в форме наиболее близкой к источнику – с гласной а на конце первой части. Написание коронавирус прочно закрепилось. Попав в общелитературный язык из-за пандемии, слово коронавирус, конечно, стало испытывать колебания. Многие носители русского языка, незнакомые с латинским термином, переосмыслили словообразовательные связи и структуру слова и восприняли конечную гласную первой части как соединительную. В русском языке в качестве соединительных гласных в основном (но не исключительно) используются о и е. Интуитивно многие стали писать короновирус. Однако термин попал в академический орфографический словарь несколько лет назад, он был зафиксирован с этимологически мотивированной гласной а. И надо сказать, в СМИ термин писали и пишут в соответствии со словарной рекомендацией, отступления встречаются редко. Оснований менять написание сейчас нет.

Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Контекст не позволяет узнать, что вопрос реально кто-то задавал, причём именно в такой форме, и решить, что его следует представить в виде прямой речи, с кавычками и вопросительным знаком. Судя по всему, здесь уместнее оформить вопрос так, как оформили Вы, — в виде изъяснительного придаточного.

Слово темнота употребляется в форме множественного числа. Примеры встречаются весьма нечасто, но все-таки их можно найти в научных, публицистических и художественных текстах. В качестве иллюстрации приведем фрагмент из газетной статьи: «Москву-реку в этот вечер вдруг стало не узнать: серебристо-голубая, с фиалковыми темнотами там и сям, она бесовски смахивала на море» («Комсомольская правда», 27.06.2006).

В таком случае запятую следует поместить в скобки: [А Вечный Израиля не солжет и не раскается,] ибо не человек Он.