Первая запятая уместна: обстоятельственные обороты «в случае + существительное» могут выделяться знаками препинания. Вторая запятая не нужна, т. к. оборот не позднее чем не содержит сравнения.
Корректно: Опираясь на высказывания «живых звеньев», связывавших его с преподобным Паисием, – епископа Нектария, Е. Ю. Концевич, отца Адриана, отец Серафим писал… Запятая после слова Паисием закрывает причастный оборот, запятая после слова Адриана – деепричастный; второе тире после обособленного приложения опускается, т. к. по условиям контекста требуется запятая.
От глагола отбыть в значении 'пробыть какой-либо срок, будучи осуждённым' образуется и слово отбытие, и слово отбывание; употребление слова отбытие в приведенном Вами контексте возможно (обычно: отбытие срока наказания).
Оборот с союзом или в значении 'то есть' обособляется: если 67 уголовных дел составляют 16,8 %, правильно: 67 уголовных дел, или 16,8 %, прекращены судом...
Обороты с предлогом помимо (в значении «кроме»), выполняющие в предложении функцию дополнения, обычно выделяются знаками препинания: В конце концов мы порешили, помимо шампанского, абонировать для него кресло в театре, утроить жалованье, купить ему вороных, еженедельно отправлять его за город на тройках – все это в счет Общества. (А. Чехов, Единственное средство). Однако допускается и невыделение запятыми оборотов с предлогом помимо в значении «кроме»: Категория эта кажется нам ее собственным, а не нашим, состояньем. Помимо этого состоянья все на свете названо. (Б. Пастернак, Охранная грамота). Если же оборот с предлогом помимо выступает в функции обстоятельства образа действия, то запятые не ставятся: Презирая убогого маляра, я восхищался этим единственным портретом, словно родившимся помимо желания его творца. (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов).
Обороты с предлогом кроме выделяются знаками препинания факультативно. Как правило, оборот с предлогом кроме выделяется, если предлог можно заменить словами «исключая, не считая чего-либо»: Ничья судьба, кроме своей собственной, вас более не интересует. (М. Булгаков, Мастер и Маргарита). Запятые могут не ставиться, если предлог кроме имеет значение «дополнительно, вдобавок к чему-либо»: Достопримечательностью главной комнаты кроме рояля было громадное полотно в тяжелой позолоченной раме, написанное неизвестным художником… (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов). Однако практика письма показывает, что и при таком значении предлога постановка запятых возможна.
Таким образом, во всех случаях окончательное решение о постановке / непостановке запятых принимает автор текста.
Практика письма показывает, что обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются запятыми.
Такой оборот речи возможен.
Если предложение или словосочетание, заключенное в кавычки, должно было бы заканчиваться запятой, но дальше следует продолжение текста, то запятая не ставится ни перед закрывающими кавычками, ни после них. Правильно: Рассмотрим «Положение о мероприятиях, направленных на улучшение содержания животных в неволе» в данном контексте. Подобный «прорыв в исследованиях, кардинально изменивший к лучшему жизнь животных в неволе» был совершен еще в прошлом столетии и не может более считаться новаторским.
Деепричастный оборот употреблен некорректно: он должен соотноситься по смыслу с производителем действия.
Пояснительные обороты с этими словами обособляются.
Как правило, обороты с этим предлогом обособляются.
