Русские и хорошо освоенные иноязычные названия городов в сочетании со словом город и сокращением г. склоняются: города Сарапула, г. Сарапула.

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Запятая нужна: союз и соединяет части сложносочиненного предложения.

Правильно.

Оснований для постановки тире нет. Конечно, есть такое понятие, как авторский знак (автор вправе поставить тире там, где он делает интонационную паузу), но, если автор этого текста Вы, такая правка выглядит странно.

Запятая перед "прошу" ставится, как и перед словом "подведомственных". 

См.: 323674

В подобных предложениях сказуемое может иметь как форму единственного, так и форму множественного числа.

Форма единственного числа сказуемого указывает на общую совокупность предметов, форма множественного числа— на отдельные предметы. Также форма множественного числа подчеркивает активность действия каждого действующего лица.

Поэтому в предложении о светофорах мы рекомендуем использовать форму единственного числа. В предложении об учениках — единственное или множественное число на выбор автора. 

Максимально подробно и с примерами о таких случаях написано в "Справочнике по правописанию и литературной правке" Д. Э. Розенталя.