Да, здесь вполне можно усмотреть отношения логического обоснования между частями бессоюзного сложного предложения. Канонический знак для их выражения — двоеточие: Это прощальная улыбка уходящего лета: скоро ночи станут синими, а потом, как и всюду, чёрными. 

Да, разделительный ъ пишется после приставок (русских и иноязычных), оканчивающихся на согласный, перед буквами я, ю, ё, е. Разделительный твердый знак показывает, что следующая за ним буква передает два звука, первый из которых — [j].

Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется, например: Слышали ли вы вопрос «А предложение „Поэтому — две тысячи рублей“ — это эллиптическое предложение?»

В словах Дарьюшка и Софьюшка мягкий знак выполняет разделительную функцию, то есть обеспечивает произношение на месте буквы Ю двух звуков речи - Й и У. В слове Илюша на месте буквы Ю произносится только один звук.

Есть "тонкости", связанные с употреблением многоточия: при встрече многоточия и двоеточия последнее поглощается (Правильно: по дороге он спрашивает...); при встрече многоточия и вопросительного знака у многоточия "убирается" одна точка, при этом вопросительный знак предшествует многоточию: неужели?..

Надо оставить один знак: либо запятую, либо тире, в зависимости от смысла. Если это обращение к Дон Кихоту, правильно: Кто Вы, Дон Кихот Ламанчский? Если смысл 'вы кто – Дон Кихот Ламанчский, что ли?', правильно с тире.

Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Этот знак называется тире. Его постановка после обобщающего слова перед рядом однородных членов — вариант нормы (см. примечание к параграфу 36 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). 

Знаки препинания определяются тем, что мы хотим акцентировать. Если мы желаем, чтобы к адресату в очередной раз пришла удача, знак препинания не нужен. Если мы сигнализируем, что это очередное пожелание удачи, нужно двоеточие: Еще раз: удачи.

Знак сноски ставят перед скобками, если примечание относится только к последнему слову или словосочетанию текста в скобках, и после скобок, если примечание относится ко всему тексту в скобках либо к тексту, который включает текст в скобках.