Постановка запятой не требуется.
Если сложносоставной топоним представляет собой русское или давно освоенное название, в косвенных падежных формах его первая часть должна склоняться. Правильно: из города Белгорода-Днестровска.
Согласно словарям, ударение в косвенных падежных формах падает на окончание:
Словарь имён собственных
Правильно: Байрейт.
В Елизове, из Елизова, горжусь Елизовом и т.д.
Дефис не нужен. Частица таки пишется через дефис с предшествующим глаголом (вернулся-таки), наречием (довольно-таки, прямо-таки) и в словах всё-таки, так-таки. В остальных случаях верно раздельное написание.
Верно: в г. Уфе. Подробно об этом см. в "Письмовнике".
Запятая после слова город нужна.
Запятая нужна.
Это свободное (не фразеологизованное) сочетание, которое может быть употреблено в переносном значении.