Оба варианта корректны.
"Далее также" используется в том случае, если в дальнейшем тексте будет использовано не только названное сокращение, но и полный вариант термина либо другой способ сокращения, в случае если по условиям контекста использование первоначального сокращения невозможно. Так, в приведенном Вами примере слова "далее также" используются, поскольку в тексте требуется разграничить федеральных государственных гражданских служащих и государственных гражданских служащих субъектов Российской Федерации (и сократить эти термины соответственно).
Корректно: при финансовой поддержке... фонда.
Такое употребление некорректно. Возможный вариант: сделка по покупке.
Оба варианта возможны.
Пунктуация в приведенной Вами фразе верна. Нужна одна запятая перед так.
В словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» рекомендовано написание с прописной: Послание Президента РФ Федеральному собранию РФ.
Официально Государственный флаг Росийской Федерации именуется именно так, с прописной буквы, см. Орфографический академический ресурс «Академос».
В начале предложения или заголовка Федеральное автономное учреждение пишется с прописной буквы, в середине предложения корректно писать строчными: федеральное автономное учреждение.
