Существительное транскрипция – заимствование, восходит (через немецкое или французское посредство) к латинскому transcriptio 'переписывание'. Энциклопедический – от существительного энциклопедия, восходящего (опять же через немецкий или французский язык) к греч. enkyklos paideia 'обучение по всему циклу наук'.

Правильно: суфф. Двойные согласные перед точкой сохраняются (терр. – территория; асс. – ассистент), однако если удвоение происходит на стыке морфем, то сохраняется только одна согласная (рус. – русский; стен. – стенной; листвен. – лиственный). 

Стигматы (греч. "клеймо, укол, рубец, знак, пятно") — покраснения на коже, кровавые подтеки, язвы, непроизвольно возникающие на телах искренне верующих людей в тех местах, где, согласно Библии, у распятого Иисуса Христа находились раны от тернового венца и гвоздей.

Правильно: Нестор Летописец. Слово летописец здесь, хоть и сохраняет свое прямое значение, входит в состав имени собственного и пишется с прописной. Ср.: Максим Грек, Николай Чудотворец, Феофан Исповедник и др. См. подробнее в «Русском правописании с комментариями».

Во-первых, вопрос о выделении корня по-разному решается при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем ли мы язык в одну определенную эпоху или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным, и при этом во всех случаях правильным.

Главный лексикографический труд А. Н. Тихонова «Словообразовательный словарь русского языка» основан на синхроническом словообразовательном подходе, при котором корень приравнивается к непроизводной основе в современном языке. Исходя из того, что слово белорус семантически обособилось от слова белый, которое исторически являлось одним из производящих, непроизводная основа белорус- в этом словаре приравнивается к корню. Это результат применения синхронического словообразовательного анализа, результаты которого в ряде случаев были перенесены в «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова.

Необходимо отметить, что последовательное установление словообразовательных связей на синхроническом уровне во многих случаях является спорным. Например, слово великоросс А. Н. Тихонов рассматривает как сложное на том основании, что оно мотивировано устаревшим непроизводным словом росс, что не совсем корректно при синхроническом анализе.

При диахроническом словообразовательном анализе в слове белорус выделяются два корня (бел- и -рус) и соединительная гласная о; способ словообразования ― сложение.

Собственно морфемный анализ включает не только формо- и словообрзовательный анализ, но и членение по аналогии. При этом виде анализа непроизводные в синхроническом аспекте основы могут оказаться членимыми. Одним из примеров является слово белорус, которое включает два корня (бел- по аналогии с Белоозеро, белошвейка и т. п. и -рус по аналогии с рус-ист, рус-о-фил, угр-о-рус и т. п.) и соединительную гласную о-.

В «Морфемно-орфографическом словаре» собственно морфемное членение имеют многие сложные слова с первым корнем бел-, несмотря на то, что в их значении нет прямого соотношения со словом белый, например: бел-о-руч-к -а ‘тот, кто избегает физического труда, трудной или грязной работы’; бел-о-ус ‘травянистое растение семейства злаков с жёсткими щетиновидными листьями’ и др. То есть собственно морфемное членение в ряде случаев проводится вполне последовательно.

Основным словарем, отражающим морфемный состав слова, а не его словообразовательные связи, является «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. Однако он содержит около 52 000 слов, практически в два раза меньше, чем «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова, так что не все слова в нем можно найти. Поэтому для анализа структуры слова прежде всего необходимо понимать принципы разных типов анализа.

Большой толковый словарь

ПЛЕОНАЗМ, -а; м. [от греч. pleonasmos - излишество]
Речевое излишество с точки зрения смысловой полноты высказывания, стилистической выразительности, выражающееся в скоплении близких или идентичных по значению слов (сниться во сне, самый лучший, толпа людей, своя автобиография и т.п.).