Да, сочетание в случае двойного наименования должности является общим обстоятельством для обеих частей сложносочиненного предложения, поэтому запятая перед и не ставится.

Предлог для обычно используется при указании цели или предназначения кого- или чего-либо, поэтому название мероприятия должно, как представляется, более точно отражать его содержание, если речь идет о работе ученых в годы Великой Отечественной войны и их вкладе в общее дело Победы.

Поскольку это очень раннее стихотворение, с большой вероятностью следует предполагать произношение с е (то есть со звуком [э]). Но с полной уверенностью этого утверждать нельзя, и именно поэтому последовательное употребление буквы ё в изданиях русской литературы, особенно поэзии, 1-й половины XIX века является нежелательным или даже невозможным. Если в русской поэзии XVIII века произношение с ё (то есть со звуком [о] в позиции под ударением перед твердым согласным) отвергалось как «подлое», то поэты 1-й половины XIX века уже свободно допускают разговорное произношение типа идёт на месте прежнего идет. Пушкин свободно чередует два типа произношения в пределах одного текста, видимо, исключительно в версификационных целях (см., например, стихотворение «Анчар», где дважды в рифменной позиции употреблены слова с е и дважды — с ​​​​​​​ё: раскаленной, потек, но чёрный, лёг). Даже в стихотворении «Пророк», где, казалось бы, совсем не место произношению с ё, Пушкин употребляет слово полёт (И горний ангелов полёт) вместо высокого полет. Но об этих произносительных особенностях мы можем судить только по рифмам. В остальных случаях о произношении соответствующих слов можно говорить лишь предположительно.

В таком случае вторую часть названия после тире склонять не следует: Руководителю Государственного казенного учреждения города Москвы — Центр организации дорожного движения Правительства Москвы.

Предпочтительно писать без кавычек, так как это общепринятое сокращение для названия института. Графическое оформление принятого названия не поменяется от того, что институт стал коммерческой организацией.

Названия причалов пишутся в кавычках, а названия маршрутов пишутся без кавычек. Поэтому следует предпочесть вариант маршрут «ЗИЛ» — «Печатники».

Запятая в позиции (2) не нужна. Между союзом и, в данном случае соединяющим части сложносочиненного предложения, и словом поэтому, с которого начинается вторая часть, нет оснований ставить запятую. Слово поэтому в словарях имеет разную грамматическую квалификацию, но ни в одном источнике не характеризуется как вводное слово.

Нормативными словарями современного русского языка эти слова не зафиксированы. Однако в академическом орфографическом словаре зафиксированы термины типа структу́рно-лингвисти́ческий, структу́рно-организацио́нный и т. п. Авторы словаря так комментируют свое решение:

структу́рно слитно/дефисно/раздельно:

1) пишется через дефис как первая часть сложных прилагательных с суфф., несмотря на подчинительное отношение основ, в сочетании со второй частью – относительным прилагательным, напр.: структурно-аналитический, структурно-организационный, структурно-типологический, структурно-функциональный § 51;

2) пишется раздельно в сочетании со второй частью – качественным прилагательным, напр.: структурно неустойчивый, структурно устойчивый, структурно сходный § 51;

3) пишется раздельно с прилагательным-причастием, напр.: структурно детерминированный, структурно оформленный, структурно расчлененный, структурно связанный, структурно упорядоченный § 51.  

Поэтому, хотя в соответствии с правилом сложные прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, пишутся слитно (железнодорожный — от железная дорога, *контрактносубординированный — от контрактная субординация), рекомендуем дефисное написание контрактно-субординированный и структурно-субординированный.

Дело в том, что по законам русской орфографии твердость/мягкость парного согласного перед гласным [э] в иноязычных словах не передается: е пишется и после твердых, и после мягких согласных, напр.: темп [т] – температура [т’], э пишется после твердых в ограниченном круге слов, напр.: блэкаут, мэр, нэцке, пленэр, пэр, рэкет, сэндвич, сэр, тхэквондо, фэнтези, фэншуй. 

О том, как осваиваются языком заимствованные слова и как это влияет на кодификацию, пишет член Орфографической комиссии РАН О. Е. Иванова в орфографическом комментарии к словарной фиксации кешбэк: «Иностранные слова входят в наш язык как чужие, со своими фонетическими особенностями, но постепенно, очень постепенно русский язык их осваивает, приучает к нашей «системе ценностей». На фонетическом уровне процесс освоения выражается, в частности, в смягчении изначально твердого согласного перед звуком [э]: ведь в нашей фонетической системе в русских словах перед звуком [э] произносится мягкий согласный и поэтому пишется буква е (белый, дело, мелкий), при этом существуют лишь единичные исключения из этого фонетического правила (к ним относятся названия букв бэ, вэ, гэ, дэ… и производные от них слова, например бэшки ʻученики класса Бʼ), в которых твердый согласный логично передается последующей гласной буквой э, а не е. <...> Лингвисты учитывают ход исторического процесса на материале многих однотипных слов, наблюдают изменения в их произношении условно ʻвчераʼ и ʻсегодняʼ и решают: в словаре следует дать такое написание, которое не помешает процессу обрусения, то есть в нашем случае это кеш – его можно произносить и [к]еш, и [кʼ]еш. В противном случае – если зафиксировать кэш, то закрепляется твёрдое произношение согласного в этом слове. И вообще, целесообразнее «склонять» слово присоединиться к правилу, а не к исключениям».

Такого указания в справочниках нет — см. параграф 11 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя или параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Как указано в этих источниках, наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения, поэтому между сочетаниями кандидат сельскохозяйственных наук и доцент нужно поставить запятую, тогда как остальные приложения не однородны: заведующий отделом ведущий научный сотрудник кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Иван Иванович Иванов. Такая последовательность из четырех приложений, из которых четвертое отделено от третьего запятой, а первые не отделены друг от друга, неудобна для восприятия. Если контекст позволит, предлагаем поставить часть из этих приложений после определяемого слова; такие приложения разделяются запятыми: Заведующий отделом Иван Иванович Иванов, ведущий научный сотрудник, кандидат сельскохозяйственных наук, доцент, рассказал об исследовании. См. также ответ на вопрос 310613.