Вы двое — это обращение, которое выражено местоимением с числительным, для постановки запятой нет оснований.
Действительно, в этом предложении частица не относится не к сказуемому-существительному обитатели, а к определению единственные. Такие случаи не кодифицированы справочниками по русской пунктуации.
Запятая перед как нужна: она ставится между частями сложноподчиненного предложения.
Запятая перед почему не нужна.
Постановка запятой не требуется.
Предпочтительно: не понял сути.
Сам по себе союз никогда не является основанием для постановки знаков препинания, в том числе запятых. Запятая разделяет предикативные части сложноподчиненного предложения, а не является атрибутом союза.
Да, тире необходимо.
Тире в подобных предложениях факультативно и ставится при наличии паузы (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 5.5).
