Возможны оба варианта. Употребление предлога зависит от контекста. Ср.: На этом семинаре речь шла об открытии целого семейства элементарных частиц и Кульчицкий, Львовский, Коган, если верно помню, официально состояли в этом семинаре. 

Слово управление требует родительного падежа в значении 'административный орган какого-либо учреждения, предприятия и т. п.': районное управление образования. Если же значение 'регулирование работы', необходим творительный падеж, например: управление образованием – дело непростое.

О знаках препинания при оборотах с союзом в том числе см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в Вашем предложении союз неуместен, так как не указано, из какого круга случаев выделяются названные. 

Запятые не нужны, верно: Министерство как уполномоченный орган исполнительной власти сообщает следующее... Оборот с союзом как не выделяется, если передает значение 'в качестве' (= Министерство в качестве уполномоченного органа исполнительной власти сообщает следующее...).

Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.

Выражения неделя к неделе, год к году в значении "по отношению к предыдущей неделе, предыдущему году" используются в профессиональных, специализированных текстах (например, в финансовой сфере). В текстах для широкого круга читателей лучше использовать более развернутые конструкции.

Слово зависимость может использоваться без дополнения. Примеры, который Вы привели, корректны.

Форма множественного числа уместна не всегда. Это профессионализм, и его допустимо использовать в профессиональной речи. В текстах для широкого круга читателей множественное число лучше не употреблять.

Большой толковый словарь русского языка

ТАСС, неизм.; м. [прописными буквами] Буквенное сокращение: Телеграфное Агентство Советского Союза (в СССР: центральный информационный орган при Совете Министров СССР, снабжавший информацией органы печати, телевидение и радио в Советском Союзе и за рубежом).

Это зависит от ситуации. Если слово тролль употребляется в специализированных, профессиональных текстах или непринужденной речи, а аудитория знакома со значением этого слова, то кавычки не нужны. В нейтральных текстах для широкого круга читателей слово тролль рекомендуем писать в кавычках.