Фамилия Вашего знакомого должна склоняться. Законы русской грамматики предписывают склонять все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный (кроме фамилий на -ых, -их типа Черных, Долгих). Качество согласного (взрывной, шипящий, сонорный), происхождение фамилии, место ударения в фамилии – все это в данном случае не имеет значения (эти факторы имели бы значение, если бы фамилия оканчивалась на гласный звук). Правильно: Малышу Сергею.

К сожалению, по сочетанию букв нельзя принять определенное решение (ср.: последНИй, но нужНЫй). Выбор зависит только от мягкости или твердости предшествующего согласного.

Конечно, контекст нужно учитывать. Честно говоря, мысль о "небритом папе-еже" приходила нам в голову при подготовке ответа на вопрос № 249385, но озвучивать ее мы не стали. 

При образовании слов, начинающихся с и, при помощи приставок иноязычного происхождения гипер-, дез-, интер-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс- буква и на ы не заменяется, напр.: гиперинфляция, дезинформация, дезинтеграция, контригра, постимпрессионизм, постинфарктный, субинспектор. Поэтому правильно: субинститут.

Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Найти такие слова, действительно, непросто. Это связано с тем, что имена существительные, оканчивающиеся на -е, – это либо обычные существительные среднего рода (море, солнце, сердце, честолюбие), либо слова мужского рода с экспрессивными суффиксами (носище, усище, голосище), либо несклоняемые слова иноязычного происхождения. В подавляющем большинстве такие слова тоже относятся к среднему роду (биде, драже, безе, саке, реле, божоле, кабаре, купе и т. п.), слов мужского и женского рода среди них единицы.

Мужской или женский род несклоняемые слова иноязычного происхождения приобретают только в тех случаях, когда к такому же роду относится русский синоним или слово, обозначающее родовое понятие, а также в тех случаях, когда они называют лиц или животных мужского (женского) пола. Так, к мужскому роду относятся слова атташе, конферансье (названия профессий – традиционно слова мужского рода), мсье, падре (названия лиц мужского пола). Медресе – существительное среднего рода. К женскому роду относятся слова протеже, кутюрье (если обозначают лиц женского пола), шимпанзе (если обозначает самку животного), цеце (влияние слова муха), биеннале (в значении 'выставка').

Заметим, что именно по указанным выше причинам такие трудности вызывает слово кофе. Это слово (несклоняемое нарицательное существительное иноязычного происхождения) самой системой языка втягивается в парадигму среднего рода, хотим мы того или нет. Мужской род (появившийся под влиянием прежних форм кофий, кофей) пока еще поддерживается традицией (и охраняется словарями), пока еще употребление слова кофе как существительного среднего рода допустимо лишь в непринужденной разговорной речи, но налицо все предпосылки для окончательного перехода  кофе  в разряд слов среднего рода (возможно, это случится через столетие, возможно, раньше).

Исторически слово двенадцать возникло как сращение с последующим фонетическим преобразованием сочетания дъвѣ (два в двойственном числе) на (предлог) десяте (десять в форме местного падежа). То есть дъвѣ на десяте — это десять и еще два сверху, числительное было сложным и имело два корня.

В современном русском языке числительное двенадцать считается простым и членится на морфемы так: дв- — корень, -надцать — суффикс, окончание — нулевое.

Спорным в современной морфемной структуре слова двенадцать оказывается статус элемента -е-. При словообразовательном анализе, целью которого является выявление непроизводной и производной основ, -е- рассматривается как наращение производной основы: дв-а → две-надцать (см. «Русская грамматика», 1980 г., т. I, § 1032).

Наращение основ в лингвистике также может описываться как интерфиксация, в рамках такой терминологии элемент -е- является типичным интерфиксом.

Морфемный статус интерфиксов является дискуссионным, поскольку полноценная морфема должна обладать значением, а интерфиксы описываются как соединительные элементы. Подробнее об интерфиксах см. пособие Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников».