В общих руководствах по правописанию, адресованных самому широкому кругу пользователей, правила оформления заголовков не менялись. Ни в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года, ни в справочниках Д. Э. Розенталя указаний о том, как нужно оформлять заголовки, просто не было, соответствующее правило сформулировали только в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина 2006 г.

В ХХ веке рекомендации об оформлении заголовков включались в специальные справочники и инструкции для издательских работников. Эти правила изменились примерно в середине ХХ века, а издательская практика менялась постепенно, в разных издательствах — в разное время.

С лингвистической точки зрения заголовки относятся к особой категории высказываний. «Русская грамматика» 1980 года называет их «не грамматическими предложениями» и характеризует так: «имеют языковые характеристики, в какой-то своей части совпадающие с языковыми характеристиками грамматических предложений, а в какой-то части — не совпадающие с ними». Особое положение заголовка среди синтаксических единиц может служить лингвистическим основанием для оформления его особым образом. Однако полагаем, что от точки отказались по иным соображениям — графико-прагматическим. Точка в заголовке избыточна: расположение на отдельной строке и выделение шрифтом достаточны для отделения заголовка от последующего текста. Титульный лист без точек выглядит более легким, при этом прочитывается без затруднений.

О точке в заголовках «школьных» текстов см. ответ на вопрос № 299307.

Вариант пунктуации: В связи с вышеизложенным и для обеспечения своевременной сдачи двигателей в сборе 21300100026000 (18 шт.) и 21300100026022 (2 шт.) в запасные части по плану июня 2012 года прошу Вас разрешить отпуск данных двигателей со склада 39184 на склад 29582 по ранее существовавшей схеме с регистрацией в ИС «КХП» текущего дня и
ИС «Охрана».

Аббревиатур, которые пишутся строчными, немного, в их числе: вуз, дот, дзот, возможно написание строчными аббревиатуры загс (при наличии и варианта ЗАГС). Написание таких аббревиатур строчными связано с многолетней традицией их употребления. Аббревиатура ЧОП относительно недавняя, словари фиксируют ее написание прописными (см., напр., «Русский орфографический словарь» РАН). Не исключено, что со временем (если эта аббревиатура будет и дальше активно употребляться) станет нормативным и написание чоп.

Корректен первый вариант.

Оба применимы в зависимости от авторского замысла; ср. описания значений глаголов оплатить и уплатить в толковых словарях русского языка. 

Говоря о "практике письма" мы имеем в виду следующее. Одна из главных функций кавычек — выделительная, то есть, заключая то или иное слово или сочетание слов в кавычки, пишущий стремится обратить на них внимание. Поэтому правило о неиспользовании кавычек при написании наименований типа Эмпайр-стейт-билдинг, Крайслер-билдинг и под. применимо только к устоявшимся и широко известным названиям. 

В официальной речи предпочтительно употребление такого названия с родовым словом. В этом случае оно склоняться не будет: связаться с компанией «Прософт-Системы». В разговорной речи допустимо родовое слово опустить. При этом название должно склоняться: связаться с «Прософт-Системами».

Об утверждении правил см. ответ на вопрос № 266500. Печатное издание можно найти в библиотеках (Правила русской орфографии и пунктуации. М., 1956), электронная версия на нашем портале в точности соответствует печатному изданию.

В первом случае тире стоит между подлежащим и сказуемым, а во втором – выделяет приложение.

Вы правы, здесь пишется частица не. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает на необходимость различения в придаточных предложениях сочетания кто бы ни, где бы ни и т. п., в составе которых имеется частица ни, примыкающая к относительному слову, и сочетания кто бы не, где бы не и т. п., в составе которых имеется частица не, относящаяся к сказуемому. Здесь отрицание относится к сказуемому (нет такого клочка суши, где бы не были обнаружены...). Ср.: Где бы я ни был, ты помни о друге...