В практике русского письма принято писать со строчной буквы титулы типа ваше величество и местоимение вы, обращенное к одному лицу, в прямой речи персонажей: Простите, ваше величество! Этот слуга всё исправит для вас. То же касается бытовых контекстов типа Сегодня ночью его величество Цзы Ван не спал. В таких случаях речь не идет о титуловании в официальных ситуациях.

Предпочтительнее первый вариант (учится), так как здесь скорее говорится о совместном, а не о раздельном действии.

Уточним: слышать запах – выражение не просторечное, а разговорное (именно так мы всегда отвечали). Но разговорная речь – это тоже разновидность литературного языка (противопоставленная в его пределах кодифицированному книжному языку), поэтому разговорные выражения тоже соответствуют литературной норме. Разница в том, что слышать запах уместно именно в разговорной речи, а чувствовать запах – выражение стилистически нейтральное, уместное во всех стилях – и разговорном, и книжно-письменном.

Если в предложениях 1, 2 и 3 приведены мысли одного и того же лица, то следует устранить непоследовательность в пунктуационном оформлении: либо весь фрагмент (полностью, не по одному предложению) заключить в кавычки, либо оформить без кавычек, как несобственно-прямую речь.

Обратите внимание, что после прямой речи перед словами автора перед тире ставится запятая: «Это синдром Фримена ― Шелдона», ― наконец пишет кто-то в комментариях.

Слово неясно пишется слитно, если имеется в виду, что будущее неизвестно: будущее неясно (неизвестно, малопонятно). Если же подчеркивается отрицание ясности будущего, подразумевается противопоставление, то следует выбрать раздельное написание: будущее не ясно (, а туманно).

Орфографически верно: фавиконка (как спортинвентарь).

Можно написать без кавычек.

Верно: документов на ремонт.

Поскольку слово употреблено в необычном, переносном значении, которое не фиксируется большинством нормативных словарей, то уместно будет написать его в кавычках: "семья".

В этом случае кавычки не требуются.