В таком контексте сочетание в соответствии с предложением имеет значение вводной конструкции, указывающей на источник информации, а потому выделяется запятыми (сравним: Поддержка была оказана в соответствии с предложением руководства — здесь оборот с предлогом в соответствии с является обстоятельством и не требует обособления).

Вы имеете в виду программу проверки правописания, встроенную в Microsoft Word? Всецело доверять ей не стоит. Программа хороша для выявления описок, опечаток, которые трудно заметить при чтении текста с экрана, но, если речь идет о пунктуации или грамматике, особо полагаться на нее не следует.

Оба слова в русском языке - названия руководящих должностей в органах и организациях. При выборе конкретного слова (глава, председатель, руководитель, начальник, директор...) следует руководствоваться правоустанавливающими документами соответствующей организации. При этом и глава, и председатель могут быть выборными должностями. Возможно, при переводе в ряде случаев целесообразно использовать нейтральный вариант руководитель (органа, организации).

Это вопрос делопроизводства, он не связан с русским языком. Тем не менее постараемся ответить. Типовая инструкция по делопроизводству в федеральных органах исполнительной власти указывает: оттиск печати должен захватывать окончание наименования должности лица, подписавшего документ. Речь идет о печати федерального органа исполнительной власти, но, думаем, это положение применимо ко всем организациям.

В приведенных случаях приложения неоднородны: существительное депутат обозначает выборную должность в представительном органе власти и связанный с этой должностью статус лица, сочетания типа руководитель фракции или председатель комитета указывают на функции этого лица внутри представительного органа власти. Соответственно, запятая между приложениями не требуется: Председатель рабочей группы депутат И. И. Иванов сообщил, что...

Пунктуация верна. Обратите внимание, что название марки заключается в кавычки: автомобиль «Лада».

Действительно, переносное значение глагола резать 'производить неприятное впечатление чем-либо, вызывать неприятные ощущения' в оборотах резать глаз  и резать ухо основано на прямом значении, поэтому логично употребление в них слов, обозначающих части тела. Однако в словарях русского языка зафиксированы оба выражения: резать ухо и резать слух, оба они признаются верными. Оборот резать слух основан на метонимическом переносе: орган – функция этого органа.