Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Пришлите нам, пожалуйста, ссылку на страницу, на которой опубликовано предложение «Давайте возьмём зефир и пожарим его прямо на огне?» — предложила моя младшая сестра, главная сладкоежка семьи.

В предложении Маргарита не могла бы сказать, из чего сделан повод его коня, и думала, что возможно, что это лунные цепочки(,) и самый конь – только глыба мрака, и грива этого коня – туча, а шпоры всадника – белые пятна звезд запятая в скобках нужна, так как она должна быть поставлена перед всеми членами ряда однородных предложений, соединенных повторяющимся союзом. 

Конечно, такие сочетания небезупречны стилистически. И все же ошибки здесь нет.

К сожалению, у нас нет однозначного ответа на вопрос, почему точка после заголовков не ставится. Скорее всего, основная причина в том, что точка после заголовка просто избыточна. Наконец, именно отсутствие точки позволяет читателю идентифицировать некий фрагмент текста как заголовок.

Слово технадзор было представлено в «Орфографическом словаре русского языка» еще в 1974 году. С тех пор оно не покидает страницы этого издания, неоднократно выпущенного в свет в дополненном виде. Это слово можно найти и в «Орфоэпическом словаре русского языка» (М., 1983). Наконец, слово технадзор мгновенно обнаруживается и в электронных версиях словарей, размещенных на нашем портале.

Следует исправить пунктуацию лишь в одном предложении: Вся в пыли, и засохших разводах, И в следах от нелепых ошибок.

Действительно, предложение построено небезупречно. Такая неаккуратность характерна спонтанной устной речи, и если ее необходимо передать на письме, то двоеточие или тире перед когда будут уместны.

Если предложение можно отредактировать и сделать более связным, его следует перестроить.

Можно написать так: Поздравляем И. И. Иванова с юбилеем и с 60-летием со дня образования предприятия.

Точка в конце поздравительного текста нужна.