Такую фамилию лучше склонять с сохранением гласного, чтобы из форм косвенных падежей можно было безошибочно восстановить форму именительного падежа: Козачёк, Козачёка, Козачёку, Козачёка, Козачёком, о Козачёке.

Слово театр-студия фиксируется словарями как отдельная лексическая единица, функционирующая как самостоятельное слово. Однако в этой единице сохраняется изменяемость обоих элементов, а следовательно, она занимает промежуточное положение между производным словом и подчинительным словосочетанием, включающим определяемый (театр) и определяющий (студия) компонент. Как производное слово театр-студия должно рассматриваться как сложение, однако следует понимать, что у большинства сложносоставных слов есть существенные словообразовательные и морфологические отличия от классических сложений типа паровоз (две основы и соединительная гласная).

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть. Постановка тире никак не мотивирована, тем более что и по смыслу части тесно связаны друг с другом: ...ставили археологов в тупик, пока не было обнаружено...

Корректно раздельное написание. См. словарную фиксацию. 

Мужская фамилия Салий склоняется (Салия, Салию и т. д.), женская – нет.

Запятая нужна. Пропуск запятой при двукратном повторении союза возможен только в случае употребления союза и (например: Кругом было и светло и зелено); в сочетаниях с союзом ни... ни... запятая не ставится только тогда, когда сочетание фразеологическое: ни то ни сё, ни себе ни людям и т. п. См. об этом параграф 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Есть справочники, в которых эти варианты даны как равноправные, есть справочники, которые отдают предпочтение форме именительного падежа прилагательного: три отличные новости.

Как правило, в подобных именах (пишущихся через дефис) склоняется только вторая часть: у Жан-Батиста.