В данном предложении решение об однородности/неоднородности определений натуральный и здоровый действительно может быть принято только самим пишущим.  

Вы правы, при передаче устной речи вежливое вы, обращённое к одному человеку, принято писать со строчной буквы. Эта практика отражена, например, в многочисленных изданиях русской классической литературы.

В сложноподчиненном предложении второй — что этим людям надо помогать неполнота главной части определяет постановку тире вместо запятой. Сравним пример из параграфа 38.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Одни спрашивают, почему произошла задержка с решением вопроса, другие — почему он вообще возник... 

Корректно: версия происхождения чего-либо. Версия о происхождении - допустимо.

Запятая не ставится.

До орфографической реформы 1917—18 годов слово могло, по давно установившейся традиции, оканчиваться или гласной буквой, или твердым знаком (он назывался «ер»), или мягким знаком (он назывался «ерь»). Много столетий назад буквы «ер» и «ерь» тоже обозначали особые (очень короткие) гласные звуки, но эти звуки давно исчезли из нашего языка.

Происхождение традиции писать «ер» и «ерь» на конце слов можно объяснить следующим образом. При письме без пробелов между словами «ер» и «ерь» показывали границу слова, т. е., даже перестав обозначать гласные звуки, эти буквы выполняли очень важную функцию — указывать на конец слова. Привычка видеть эти буквы в конце слова оказалась так сильна, что они остались и после того, как стало обычным разделять слова пробелами.

Осколок этой традиции сохранился и в современном русском языке — в виде написания ь на конце слов после шипящих: мышь, ночь, рожь, стричь. Никаких разумных причин писать ь в этой позиции нет, такое написание просто дань традиции (его тоже предполагали отменить реформой 1917—18 и оставили в самый последний момент).

Дополнение с предлогом согласно, стоящее между подлежащим и сказуемым, обособить нужно. Если бы обособленного оборота не было, то тире между подлежащим, выраженным существительным в им. падеже, и сказуемым, выраженным числительным с зависимыми словами, было бы необходимо.

Сохранять ли тире при обособлении дополнения? К сожалению, правила об этом не сообщают. Однако есть предписание не ставить тире в предложениях с вводными словами и дополнениями, ср.: Грач, конечно, птица умная и самостоятельная, но голоса у него нет (Пауст.) и Мой отец для меня друг и наставник. Полагаем, что тире в таких предложениях опускается, так как оно должно соединять группу подлежащего и группу сказуемого, показывая их границы. Вводный компонент, который выделяется запятыми, не относится ни к подлежащему, ни к сказуемому и сам по себе хорошо показывает эту границу. То же можно сказать и об обособленном дополнении. Так что логика правил дает нам право не ставить тире в Вашем предложении. Однако, по-нашим наблюдениям, тире в таких предложениях довольно часто ставят, возможно, как сигнал пропуска компонента предложения (связки есть), маркер отношений тождества. В отсутствие четких рекомендаций в правилах и учитывая тенденции письменной речи возможно допустить два варианта пунктуации — с тире и без тире. Они оба обеспечивают правильное восприятие структуры и смысла предложения. 

Знаки препинания расставлены верно.

Нормативные словари дают разную информацию о формах глагола плодоносить, и наш словарный ресурс ее отражает. Так, «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка (М., 2019) не отмечает неполноту парадигмы (индекс нсв нп 4c), «Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Р. И. Аванесова (5-е изд. М., 1989) и под ред. Н. А. Еськовой (10-е изд. М., 2015) включает в статью плодоносить стандартные для словаря контрольные формы -ношу, -носит. Однако многие словари при стандартных контрольных формах 1-го и 2-го или 1-го и 3-го лица дают только форму 3-го лица (ср., например, со словарной подачей глагола учиться). 

Грамматический и орфоэпический словари не учитывают семантические ограничения на употребление форм 1-го и 2-го лица глагола плодоносить, формальных же препятствий для образования этих форм нет (так же дается и глагол брезжить). Исключить употребление системных форм 1-го и 2-го лица нельзя, хороший тому пример находим в тексте письма, процитированного в мемуарах А. А. Тахо-Годи:

И с каждой осенью я расцветаю вновь. А. Пушкин
Не доблесть расцветать весной и летом,
Когда любое семечко в чести,
И травы взысканы теплом и светом,
Расти способна чуть ли — на кости.
Но если мрак и холод, и при этом
Мы в возрасте весьма жды десяти,
Каким отважным нужно быть поэтом,
Чтобы дерзать и осенью цвести.
И вот, стирая старости границы
(Так человек, лишившийся десницы,
Ловчась, перерождается в левшу),
И я, в слезах, питая песен стаю,
И осенью ненастной расцветаю,
И лютою зимой плодоношу.

[А. А. Тахо-Годи. Жизнь и судьба: Воспоминания (2009)]