Объяснить можно по-разному, в зависимости от уровня знаний и интереса пятиклассника. Можно ограничиться следующим: у этих глаголов буквенная основа неопределенной формы и буквенные основы форм настоящего времени совпадают. Ср.:

Прыга/ть, прыга/л, прыга/ю, прыга/ет и т. д. – формы одного слова, поэтому у них одна основа.

Та же закономерность во многих (но не во всех) словах, заканчивающихся в неопределенной форме на ать: чита/ть – чита/ю, дума/ть – дума/ю, полыха/ть – полыха/ю. Но ср.: писа/ть – пиш/у, балова/ть – балу/ю.

Если же ребенок неплохо знает фонетику, то можно понаблюдать за звуковыми различиями основы.

В формах настоящего времени гласный сохраняется, он такой же, как в неопределенной форме. Это либо ударный [а] (чит[а]ть – чит[а]ет), либо безударный редуцированный [ъ] (прыг[ъ]ть – прыг[ъ]ет). Но есть интересное отличие: в настоящем времени добавляется согласный [j]. Прислушайся:

прыга[j]ют

прыга[j]ет

прыга[j]ешь

Получается, что основа неопределенной формы, заканчивающаяся на а, соотносится с основой настоящего времени, заканчивающейся на аj. Т. е. у глаголов не одна, две основы. Ср.: читать, читал, но читают, читает. А иногда и три! Основы глаголов по-разному соотносятся друг с другом. Но не бывает такого, чтобы основа неопределенной формы заканчивалась на а, а настоящего времени – на у.

Запятая факультативна, окончательное решение о ее постановке принимает автор текста. Но при этом практика письма показывает, что составной подчинительный союз из-за того что обычно расчленяется (т. е. запятая ставится между частями союза) и в начале, и в середине предложения. См. также «Справочник по пунктуации».

Приводимые Вами примеры иллюстрируют правило о расчленении сложного подчинительного союза в случае если (сравним примеры расчленения сложного союза оттого что в параграфе 118 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина); этот союз соединяет части сложного предложения. В примере Это был если не лучший, то самый запомнившийся день в его жизни другой союз — если не..., то, и здесь он соединяет не части сложного предложения, а определения к слову день.

Оба варианта корректны, однако первый оборот чаще употребляется с местоимением сам/самый: Вначале их забавлял самый принцип кинематографии, их смешил самый факт того, что живые люди движутся на полотне [Е. Петров. Остров мира. Комедия в 4 актах (1947)]; — Кирилл, — в голосе Романа Артуровича мелькнула усталость, — но разве сам факт того, что мы признаём прослушивание, не является свидетельством нашей честности перед партнёрами? [Алексей Иванов (Алексей Маврин). Псоглавцы. Гл. 21-39 (2011)]. 

Значение этого выражения складывается из значений составляющих его слов. См.:

Большой толковый словарь русского языка

КОНФЛИ́КТ, -а; м. [лат. conflictus - столкнувшийся]. 1. Столкновение противоположных интересов, взглядов, устремлений, нравственных позиций; серьёзное разногласие, острый спор. Семейный к. Вступить в к. с окружающими. Уладить к. Избежать конфликта. Социальные конфликты. Межличностный к. (серьёзное разногласие между отдельными людьми, возникшее в процессе их социального и психологического взаимодействия). К. интересов (о личной заинтересованности должностного лица в принятии им выгодного для себя решения). 2. Резкое осложнение в международных отношениях, способное привести к военному противостоянию. Пограничный к. Урегулирование международных конфликтов. Военный к. (форма разрешения межгосударственных или внутригосударственных противоречий с применением военной силы). Вооружённый к. (вооружённое столкновение ограниченного масштаба между государствами или противостоящими сторонами в пределах территории одного государства). Межнациональный к. (одна из форм отношений между национальными общностями, характеризующаяся состоянием взаимных претензий, имеющая тенденцию к нарастанию, вплоть до вооружённых столкновений). Региональный к. (проявление в острой форме на региональном уровне противоречий политического, экономического и идеологического характера между странами). 3. Противоречие, противоборство между изображёнными в художественном произведении характерами или сторонами одного характера, служащее основой развития действия. Художественный к. Драматический к. Конфли́ктный, -ая, -ое. К-ые отношения. К-ая ситуация. К. вопрос. К-ая комиссия (комиссия для разрешения конфликтов между администрацией и работниками предприятия, учреждения и т. п.).

Большой толковый словарь русского языка

ПОКОЛЕ́НИЕ; ПОКОЛЕ́НЬЕ, -я; ср. 1. Родственники одной ступени родства по отношению к общему предку (предкам). В доме живёт три поколения семьи Кузнецовых. Инженер во втором (третьем) поколении (по отношению к своим ближайшим предкам). 2. Одновременно живущие люди (особи) приблизительно одного возраста. Подрастающее, современное п. Военное п. Ребята моего поколения. Представитель, человек прошлого поколения. Подрастает новое, замечательное п. Преемственность поколений. Молодое, старшее п. (разг.; люди близкого возраста). 3. кого или какое. Группа людей, близких по возрасту, объединённых общей деятельностью, общими интересами. Выросло новое п. учёных, лётчиков, руководителей. Этот опыт будет изучаться последующими поколениями. 4. Серия (приборов, механизмов) в её отношении к предшествующим или последующим сериям. Станки, техника нового поколения. Из поколе́ния в поколе́ние; от поколе́ния к поколе́нию идёт (передаётся, наследуется и т. п.) что. 1. По наследству от родителей к детям, от старших к младшим. 2. По традиции от старших к младшим.

Прежде всего необходимо отметить, что в русском языке ударение не фиксированное (как, например, во французском, где оно всегда на последнем слоге, или в чешском, где всегда на первом). Нет в русском языке и правил постановки ударения, как, например, в испанском, где всё строго: место ударения зависит от конечного звука в слове, а в случае исключения на письме обязательно ставится знак ударения. Русское же ударение подвижное и разноместное, в разных словах (и даже формах одного слова) может падать на разные слоги. Аналогии и рассуждения «если правильно... то должно быть ...» к ударению в русском языке неприменимы, в спорных случаях надо обращаться к орфоэпическим словарям.

Что касается ударения в глагольных формах. Академическая «Русская грамматика» 1980 года выделяет 4 акцентных типа глаголов. Глаголы шуметь и звонить относятся к акцентному типу B, который характеризуется ударением на последнем слоге основы в прошедшем времени и на окончании во всех формах настоящего времени и повелительного наклонения: вы шумите, вы звоните; не шумите, не звоните. А глаголы рубить и ходить относятся к акцентному типу С, который характеризуется ударением в прошедшем времени на последнем слоге основы, в настоящем времени на окончании в 1 л. ед. числа и на основе в остальных формах; в повелительном наклонении ударение, как и в форме 1 л. ед. числа, – на окончании: рублю, рубишь, вы рубите, в повелительном наклонении: не рубите.

Затруднения со словом звонить возникают из-за того, что этот глагол тяготеет к акцентному типу С (т. е. к переходу ударения на основу). Это далеко не единственный случай в русском языке: такие слова, как варить, курить, крестить и др., раньше (в XIX в.) имели вариативные формы с ударением акцентных типов В и С: варишь, варят и варишь, варят. В современном русском языке однако нормативно только варишь, варят, т. е. ударение закрепилось на основе. Это естественный процесс изменения лексико-грамматической системы языка. Возможно, в будущем такой процесс произойдет и со словом звонить (что вовсе не следует воспринимать как «деградацию» языка), однако пока нормативным признается только ударение на окончании. Как пишет «Русская грамматика»: «Употребление глагола звонить с ударением акцентного типа С – предмет обсуждений и споров. Однако нормальным литературным ударением для всех значений этого глагола остается ударение звонишь, звонят и т. д., т. е. по акцентному типу В».