Это управление неизменяемым словом.
В значении 'находиться в рабочем состоянии' по отношению к часам используются оба глагола: идти и ходить. Поэтому оба сочетания возможны. Есть небольшой нюанс: глагол ходить обычно используется, если речь идет о приспособлениях и механизмах, основанных на движении вперёд — назад или вверх — вниз. Поэтому сказать о настенных часах с маятником часы перестали ходить более естественно, чем, например, об электронных часах, встроенных в какой-либо прибор.
Возражать против чего-либо – верное управление. Фраза корректна.
Предпочтительно тире: А что не сдал экзамен – так это даже к лучшему; А что ему на самом деле сорок – так это только плюс. См. параграф 124 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Возможно. Слово "идти" пишется по морфологическому принципу: корень "ид" и суффикс "ти" соединяются в одно слово. Слово "прийти" - по фонетическому принципу: написание приближено к произношению.
Номенклатуру дел можно определить как систематизированный, оформленный специально установленным образом список дел, которые ведутся в организации.