Корректно слитное написание.
Нет, это ошибка. Правильно: имеют место.
Слово путем фиксируется в словарях и грамматиках как производный отымённый предлог, а слово методом — нет. Это связано с тем, что форма существительного путем в конструкциях с последующим род. падежом в большинстве контекстов:
1) утратила лексическое значение, свойственное существительному путь и используется для выражения значения абстрактного отношения между главным словом и зависимой формой родительного падежа: подтвердить (главное слово) путем референдума (зависимое слово); сформировать (главное слово) путем выборки (зависимое слово) и т. п.
2) при выражении абстрактного значения отношения теряет морфологические признаки существительного (не может изменяться по числам и падежам);
3) не является самостоятельным членом предложения, входит в предложно-падежную конструкцию вместе с последующей формой род. падежа.
Например:
Модель может быть расширена путем добавления новых элементов.
Модель может быть расширена путем добавления новых элементов и замены деталей корпуса.
Словоформа методом сохраняет значение существительного метод и способность к словоизменению, является самостоятельным членом предложения, а по отношению к последующему род. падежу выступает в качестве главного слова в словосочетании.
Состав наносплава определяли методом просвечивающей микроскопии.
Состав наносплава определяли методами просвечивающей и сканирующей микроскопии.
Для сравнения приведем контекст, в котором словоформа путем остается существительным (не является предлогом), так как сохраняет значение существительного путь и выполняет функцию члена предложения:
У нас появилась уникальная возможность попасть на озеро Байкал путем первооткрывателей.
Запятая факультативна (необязательна).
Это устойчивый оборот. В нем прилагательное употреблено в своем словарном значении 'главный, основной; наиболее важный, значимый'.
Первый вариант лучше.
Следует либо использовать внутренние кавычки другого рисунка ("лапки"), либо отказаться от сдвоенных закрывающих кавычек.
