Такие существительные в школе называют несклоняемыми, а в академической «Русской грамматике» 1980 года они отнесены к нулевому склонению.
Оба варианта корректны. Официально - линия, в разговорной речи - ветка.
Запятая нужна.
Ничем. Это равноправные орфографические варианты.
Это не регулируется нормами русского языка. Подобные характеристики расстояния субъективны и зависят от контекста и авторского замысла. Например, Владивосток находится очень далеко от Москвы — больше 9 тысяч километров по трассе. А Сириус к Земле расположен довольно близко по сравнению с другими звездами — всего-то 81 (с хвостиком) триллион километров!
Правильнее использовать точку вместо дефиса.
Правильно:
Дон Жуан, -а (лит. персонаж) и донжуан, -а (искатель любовных приключений)
Дон Кихот, -а (лит. персонаж) и донкихот, -а (благородный наивный мечтатель)
Если название используется с родовым словом (станция), то название не склоняется: на станции метро «Войковская», на станции «Войковская».