При оформлении библиографии и библиографических ссылок по ГОСТам нужно учитывать, что в библиографической записи пунктуация имеет две функции — обычных знаков препинания и так называемых знаков предписанной пунктуации. Последние служат для распознания отдельных областей библиографических описаний при традиционной и автоматической обработке данных.

В качестве знаков предписанной пунктуации используются обычные знаки препинания и математические знаки (двоеточие, косая черта, сочетание точки и тире, знак равенства и др.). До и после предписанного знака ставят пробелы, это позволяет отличать его от пунктуационного знака. Правда, из этого правила есть исключение: пробелы не ставят перед точкой и запятой. Приведем пример библиографической записи со знаками предписанной пунктуации:

Орфографический словарь русского языка : 110 000 слов / Акад. наук СССР, Ин-т языкознания ; [под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро]. – 2-е изд., стер. – Москва : ГИС, 1957. – 1260 с.

Почему в библиографической записи тире иногда заменяют на дефис? Полагаем, что причины могут быть разные: технические ограничения на использование тире, незнание того, что тире и дефис — разные знаки не только графически, но и функционально, и др.

Предписанный знак точку и тире, разделяющий области библиографического описания, допускается заменять точкой в библиографических ссылках, например:

Орфографический словарь русского языка / под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро. 2-е изд., стер. М. : ГИС, 1957. С. 3. 

Фамилию в заголовке библиографической записи рекомендуется отделять от имени (имен), имени и отчества, инициалов запятой. Библиографы иногда объясняют необходимость запятой тем, что она помогает в иностранных именах однозначно показать, где заканчивается фамилия и начинается имя, например: 

Ожегов, С. И. Толковый словарь русского языка. 4-е изд., доп. М., 1997.

Рубенс, Питер Пауль. Питер Пауль Рубенс в собрании Эрмитажа [Текст]. – Ленинград : Аврора, 1970. – 5 с.

При затруднении определения границ фамилии и имени допускается запятой их не разделять (Пон Чжун Хо).

Запятая после фамилии — недавнее новшество, она не является обязательной, как пунктуационный знак не нужна, поэтому довольно часто наши издатели и авторы такую запятую игнорируют.

Подробнее об оформлении библиографических записей читайте в ГОСТах, их перечень можно посмотреть в разделе «Официальные документы». Также заметим, что в Российской государственной библиотеке (возможно, и в других крупных библиотеках) периодически читают лекции, посвященные оформлению библиографии и библиографических ссылок. 

Двоеточия не нужны, гиперссылки можно заключить в скобки и подчеркнуть.

Слова таким образом обособляются как вводные в значении 'итак', 'следовательно' и не обособляются в значении 'таким способом'. Пунктуация зависит от смысла предложения.

Это словарь еще готовится к изданию. 

См. ответ на вопрос № 176838.