Интересный вопрос. На наш взгляд, употребление кавычек здесь оправданно, ведь буквы О, Т, А есть и в кириллическом алфавите, и в латинском. Если мы напишем АО AlemGaz, читатель может не понять, что АО – это аббревиатура от акционерное общество, он может решить, что эти буквы – часть написанного латиницей названия. Поэтому корректно: АО «AlemGaz».

На первый взгляд, это лексически избыточное сочетание, т. к. значение слова мотив – 'побудительная причина, основание, повод к какому-л. действию, поступку'. И тем не менее это сочетание зафиксировано в словарях русского языка (оно есть и в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова, и в «Словаре русского языка» С. И. Ожегова), поэтому можно говорить о его корректности.

На наш взгляд, следует склонять: изготовлено по заказу ИП Иванова А. Н. В случае несклонения мы должны заключить фамилию и инициалы в кавычки: изготовлено по заказу ИП «Иванов А. Н.» (т. е. Иванов А. Н. фактически будет условным названием организации, выступающим в сочетании с родовым словом ср.: изготовлено по заказу ОАО «Газпром»), но вряд ли такое употребление кавычек оправданно.

При морфемном анализе в слове фонетика выделяется корень фон- (ср. с однокоренными словами фон, фонология, фонема, фоноскоп и т. п.), асемантический элемент -ет- (интерфикс) и суффикс -ик-, при помощи которого образуются производные слова, называющие научные направления и сферы занятий, ср.: лингвист-ик-а, электрон-ик-а, энерг-ет-ик-а, систем-ат-ик-а и др. Элементы -ет- (фон-ет-ик-а, энерг-ет-ик-а и др.) и -ат- (систем-ат-ик-а и др.) могут рассматриваться либо как интерфиксы, либо как элементы, образующие варианты суффикса -ик-: -етик- и -атик-.

При синхроническом словообразовательном анализе, который опирается на смысловые связи слов в современном языке, слово фонетика считается непроизводным, суффикс не выделяется (см. «Словообразовательный словарь русского языка» под ред. А. Н. Тихонова). Такой подход основывается на сравнении общеупотребительных значений слов фон и фонетика (фон — ‘шум’, фонетика — ‘наука о звуковых средствах языка’), между которыми отношения производности на первый взгляд отсутствуют. Однако в лингвистике термином фон обозначают ‘звук’, поэтому даже при словообразовательном анализе, целью которого является не установление состава морфем слова, а анализ его словообразовательных связей, некорректно рассматривать слово фонетика как непроизводное.

Да, сочетание "коллеги по работе" ошибочно, хотя коллегами называют не только людей, работающих в одной организации, но и людей, имеющих общую профессию, общие профессиональные интересы и т. п.

Вопрос об обособлении слов откуда не ждали спорный, поскольку это сочетание можно считать и неполным придаточным предложением, и (в составе сочетания прийти откуда не ждали) – цельным по смыслу выражением. Последнее, на наш взгляд, более вероятно, т. к. слова откуда не ждали эквивалентны члену предложения – обстоятельству (ср.: неожиданно, откуда ни возьмись). Следовательно, запятая здесь не требуется, хотя по воле автора текста она может быть поставлена. Разнобой в ответах устранен.

Фамилия Шамшура склоняется. Правильно: выдан Шамшуре О. П.

Нет, приставка экстра... и с существительными обычно пишется слитно. Исключение составляют лишь некоторые слова: указанные Вами экстра-класс, экстра-почта (устар.), а также экстра-тайм, экстра-энд (спортивные термины).

Правильно написание согласно словарю «Прописная или строчная?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова).