В слове «шишек» (мн. ч., р.п.) нулевое окончание.
Да, корректно: машинную вышивку нельзя равнять с ручной.
Правильно: В магазине мы купили 5 кг яблок, окончание в форме яблок нулевое.
Здесь действует орфографическое правило: двойное н пишется в словах с беглым е между нн, напр.: беспрестанный (беспрестанен), благоуханный (-нен), блаженный (-жен и -женен), искренний (-нен), склонный (-нен), откровенный (-нен), почтенный (-нен).
Плеврит выпотно́й — этот перевод встретился в одном из двуязычных словарей. Судя по всему, у цитологов предпочтителен именно такой вариант термина.
Слово администрация нужно писать строчными.
Все верно, в слове уточка корень уточ- и суффикс -к-. Все дело в том, что в слове уточка появляется беглая гласная, которой нет в слове утка в форме именительного падежа ед. числа, но которую можно увидеть в форме родительного падежа мн. числа: (нет) уток.