Запятая ставится.
Верно: жабра (слово женского рода). Форма множественного числа родительного падежа: жабр.
Что касается второго примера, то верны оба варианта: манжет (мужского рода) и манжета (женского). Форма множественного числа родительного падежа: манжет.
Сочетание на основании вышесказанного можно сказать тавтологично. Его надо править.
1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».
Название категории следует писать в кавычках с большой буквы: ...в категории "Замороженные полуфабрикаты".
В названиях спортивных команд с большой буквы пишется первое слово и все собственные имена. Правильно: «Красные крылья», «Сочинские леопарды», «Чеховские медведи».
Правильно: чреспищеводный. Приставки без-, воз- (вз-), из-, низ-, раз- (роз-), через- (чрез-) пишутся с буквой з перед гласными и звонкими согласными и с буквой с перед глухими согласными.
Правило таково: пишутся через дефис сочетания с частицами -де, -ка, -те, -то, -с, примыкающими к предшествующим словами: ничего-де не понимает, ответь-ка на вопрос, я-то тебя понял.
Здесь верно: как бы вам ни было плохо.