В текстах для подготовленного читателя, знакомого с использованием слова в данном значении, можно кавычки опустить. В остальных случаях кавычки нужны.
Обычно обороты с предлогом согласно не обособляются, однако их обособление возможно и зависит от многих причин (степени распространенности оборота, места по отношению к сказуемому, добавочных оттенков значения и т. п.).
Правильно: вопреки чему-либо, неправильно: вопреки чего-либо. Верное употребление: вопреки указанию шефа.
Приставка мета- пишется слитно. Верно: метакатегория.
Да, тип связи в этом словосочетании — управление.
Пунктуация зависит от строя предложения. О пунктуации в предложениях со словом значит см. в "Справочнике по пунктуации".
Если речь идет о музыкальном термине (интервал между звуками), правильно: полутоны. В знач. 'переход от светлых тонов к темным; отсутствие резких контрастов, плавность перехода' правильно: полутона.
Да, уже существует словарная фиксация этих слов, например в восьмом томе «Большого академического словаря русского языка» (М., СПб., 2007). См. также «Проверку слова» на нашем портале.
