Есть общепринятые графические сокращения (их список можно найти, например, в «Русском орфографическом словаре» РАН, прил. 1). Общепринятое сокращение от русский – рус., общепринятое сокращение от язык – яз. Таким образом, правильно: рус. яз.

Интересный вопрос. Вероятно, это тот случай, когда на помощь должны прийти кавычки (хоть название и написано латиницей). С их помощью можно показать, что восклицательный знак – часть названия. Корректно: Есть такая система – «Yahoo!».

Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и степень – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: мы беседовали с заведующим такой-то кафедрой доктором математических наук, профессором Михаилом Ивановым.

Конечно, Сьерра-Леоне. Дефис пропал при верстке по техническим причинам. Исправлено.

Слова на самом деле могут обособляться как вводные в знач. «собственно говоря, в самом деле», но чаще употребляются в знач. «в действительности, фактически» и не требуют постановки знаков препинания. См. подробнее в «Справочнике по пунктуации».

Правильно: в порядке, установленном договором.

Слова на букву Ы в русском языке есть, но картинки к ним нарисовать сложно. Слова на буквы Ы: ыр (песня у некоторых тюркских народов), ыкать (произносить звук ы), ыканье (произнесение звука ы). Кроме того, само название буквы Ы является словом – несклоняемым существительным среднего рода ы. В принципе, можно нарисовать под буквой Ы восточного сказителя, исполняющего песню, но вряд ли такие познания требуются от первоклассника. Скорее всего, эту букву можно пропустить.

«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует: Баба-яга (сказочный персонаж) и баба-яга (безобразная злая старуха).

Правильно: Хочется отметить оперативную работу сотрудников при ответах на вопросы, возникавшие в ходе подготовки отчетности. Слово вопросы стоит в форме винительного падежа, следовательно, и относящееся к нему определение возникавшие тоже должно стоять в форме винительного падежа.

Под бомбами здесь имеются в виду сигнальные шары, которые вывешивали на каланче, когда замечали пожар. Такие шары оповещали о размерах и месте возникновения пожара. Вот цитата из стихотворения Самуила Маршака «Пожар»:

На площади базарной,
На каланче пожарной
Круглые сутки
Дозорный у будки
Поглядывал вокруг —
На север,
На юг,
На запад,
На восток —
Не виден ли дымок.
И если видел он пожар,
Плывущий дым угарный,
Он поднимал сигнальный шар
Над каланчой пожарной.
И два шара,
И три шара
Взвивались вверх, бывало.
И вот с пожарного двора
Команда выезжала.