Какой из двух вариантов предпочтительнее — решать самому автору. Слово контроль многозначно (в чем нетрудно убедиться, если обратиться к материалам словарей, размещенных на нашем портале), тогда как отглагольное существительное контролирование отражает идею процессуальности, поэтому уместно в тексте, посвященном процессу.

Правильно: сметная стоимость, морально и физически устаревшее оборудование.

Слово иноагент образовалось по той же модели, что и слова иномарка, инопартнер, инофирма. Сочетание гласных на стыке сложных слов не редкость, например: автоавария, одноактный, электроаппарат.  

Сочетание союза и и вводного слова наоборот, выделяемого запятыми по общему правилу, возможно, например: Надо самим всё выяснить и доказать невиновность Николая и, наоборот, виновность лодочника. А. Рыбаков, Бронзовая птица. Но в приведенном Вами примере сочетание и наоборот не разделяется запятой.

Вы составили сложноподчиненное предложение с придаточным (с чего следует начинать общение с любым контролёром) внутри главного (Самое главное правило — это ваше требование показать его удостоверение!). Придаточное в этой позиции требует выделения запятыми. 

Обратите внимание: предложение построено неудачно, его нужно переформулировать.

Сочетание в начальной школе определяет конкретное время действия, задаёт его хронологические границы. Это способствует актуализации глагольных признаков в слове изучаемые и не позволяет говорить о переходе причастия в прилагательное. Тем самым раздельное написание с не в данном случае следует признать правомерным.

Окончанием является последняя буква. Точнее, последняя буква в этих словах обозначает два звука, один из которых относится к основе, второй – к окончанию: милици[ja] – милици[jy]. Основа этого слова милициj, окончание -а. На письме выделяется окончание -я. То же самое в слове путешествие.

Название Худжанд склоняется: в Худжанде, из Худжанда. В сочетании с родовым словом это название можно оставить несклоняемым, т. к. оно является не самым известным (не исключено, что при склонении у читателя возникнет вопрос: в городе Худжанде – это город Худжанд или город Худжанда?).