Если приводится номер и полное название указа, т. е. официальные характеристики документа, целесообразно завершить оформление в соответствии с тем, как принято в официальном контексте: Указ Президента РФ № 1062 «О мерах...». Ср. в ситуации неофициального употребления: в президентском указе о мерах поддержки библиотек говорится следующее...

Наречное сочетание от корки до корки приводится в словарных статьях слова корка как устойчивое выражение. Внутри устойчивых выражений нет оснований ставить знаки препинания. Возможно, в специфических условиях контекста (например, когда на письме передается устная речь какого-то говорящего, который сделал продолжительную паузу перед второй частью выражения) будет уместно интонационное тире.

Корректно: распространяется на юридические лица и физических лиц.

Фома неверующий – о человеке, которого трудно заставить поверить чему-либо. Оборот пришел из Евангелия. Один из апостолов, Фома, когда ему рассказали о воскресении распятого Христа, заявил: «...если не увижу на руках Его ран от гвоздей, и не вложу перста моего в раны Его, и не вложу руки моей в ребра Его, не поверю».

Использование таких сочетаний в газетном тексте – это уже не ситуация официального употребления (если только в газете не приводится полный текст указа, закона и т. п.). А значит, в тех случаях, когда официальное написание противоречит орфографическим правилам, в газетных статьях лучше писать с соблюдением этих правил. Например: Государственная Дума (официальное употребление) и Государственная дума (в газете).

Выражение расходы по операциям используется специалистами в финансовой сфере, то есть представляет собой речевой оборот из профессионального языка. Если речь идет об употреблении этого выражения вне профессиональной среды (в частности, в банковском приложении, предназначенном для широкого круга клиентов), то закономерно возникает вопрос о том, будет ли оно понято адресатами так, как это задумано авторами записи.

1. В справочниках не сформулировано правило о том, с какой буквы должна начинаться прямая речь, если она включается в текст как член предложения. Примеры приводятся разные, в частности: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича; Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание (примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Вопрос остается, видимо, на усмотрение автора текста. Добавим лишь, что если с помощью знака конца предложения (восклицательного, вопросительного знака, многоточия) передается интонация прямой речи, то естественно было бы начать ее с прописной буквы, чтобы представить как законченное предложение: Братья разворачиваются и уходят, и вслед им летит громогласное «Не смейте оставлять нас здесь!». Что касается двоеточия, то оно здесь совершенно точно не нужно.

2. Слово прощай может быть представлено и как нечленимое предложение, сказанное с определенной интонацией, и как слово, поэтому корректны разные варианты его оформления.

3. После тире ставится именно точка, потому что авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. См. подробнее ответ на вопрос № 325744.