Вы правы. Но чтобы стало яснее, лучше слова "при подагре" переместить в самое начало предложения. Верно также: препаратов, снижающИХ.

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Можно считать эту часть слова корнем и выделить три корня соответственно, но можно также часть "средизем" считать корнем и выделить два корня.

В этом случае верно слитное написание: одиночные причастия пишутся слитно с не (если считать краснеющие причастием); в сочетании обозначена непринадлежность писем к разряду краснеющих (если считать краснеющие прилагательным). 

Возможны варианты пунктуации в зависимости от смысла и интонации. Даже можно считать союзом, вводящим присоединительный оборот (тогда запятая нужна), а можно считать частицей (и не ставить запятую). Решение принимает автор текста.

Правильнее будет считать родовым словом только первое (храм, поселок, набережная, улица и т. д.), а второе слово, которое пишется со строчной буквы, следует считать частью собственного наименования (не путать с именем собственным!).

Написание зависит от значения: считаные (=немногочисленные, прилагательное от глагола несовершенного вида считать) и считанные (= те, которые были считаны; причастие от глагола совершенного вида считать, который употребляется как информационный термин в знач. 'получить, снять информацию').

1. Возможны варианты оформления:

Вверху слева. Практически все узники, пытавшиеся сбежать с острова, погибали...

Вверху слева: практически все узники, пытавшиеся сбежать с острова, погибали...

Слова вверху слева можно выделить графически (курсивом).

2. Корректны все названные варианты переноса. Однако предпочтительно на-столько, по-следний (хотя допустимо нас-только, пос-ледний).

Да, возможно (и очень вероятно) и такое толкование. Таким образом, написание будет зависеть от значения: считаные (=немногочисленные, прилагательное от глагола несовершенного вида считать) и считанные (= те, которые были считаны; причастие от глагола совершенного вида считать, который употребляется как информационный термин в знач. 'получить, снять информацию'). Ответ на вопрос № 282347 дополнен. Спасибо!