Игорь, приведенный Вами пример можно оставить и без частицы НЕ, при этом неоднозначность не исчезнет: Ураган вызвал шторм. Так что такая версия вряд ли обоснованна. Напротив, старая норма предписывала использовать только родительный падеж при отрицании в подавляющем большинстве случаев.

Сама грамматическая проблема выбора падежа довольно сложная, имеет долгую историю. На эту тему существует множество научных исследований. Библиографию можно найти, например, в следующем издании: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. М., 2008. С. 44-45.

А здесь - о современном употреблении: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=otr

С двойной буквой н пишутся причастия и прилагательные, образованные от бесприставочных глаголов несовершенного вида и оканчивающиеся на -ованный, -ёванный (так как глагольный суффикс -ова-/-ева- указывает на отчасти сохраняющееся у них глагольное значение; подобные причастия можно заменить синонимичной глагольной конструкцией), например: балованный (‘тот, кого разбаловали’), линованный (‘такой, который разлиновали’), основанный (‘такой, который был основан’).

Запятая между согласованным и несогласованным определениями обоснованна. Вот правило из полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

§ 39. Запятая ставится при сочетании согласованных и несогласованных определений (несогласованное определение помещается после согласованного): Между тем в приземистой, с коричневыми стенами зимовке Клюшиных действительно горела слегка увернутая семилинейная лампа (Бел.); Она сняла со стола толстую, с бахромой скатерть и постелила другую, белую (П. Нил.).

Однако запятая не ставится, если сочетание согласованного и несогласованного определения обозначает единый признак: Белая в клеточку скатерть; на ней была синяя в горошек юбка.

Вряд ли приведенные Вами определения можно считать обозначениями единого признака. 

Во втором ряду слово отыграться образовано суффиксальным (постфиксальным) способом от отыграть. Слово современный содержит приставку со-, оно образовано приставочно-суффиксальным способом. Сложности возникают со словом бессмыслица. Автор тестового задания трактует это слово как образованное приставочно-суффиксальным способом по образцу слов бескормица (от корм), беспутица (от путь). Такое решение вполне обоснованно. В «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова это слово действительно определяется как образованное суффиксальным способом от бессмысленный. Это решение, на наш взгляд, не имеет преимуществ перед вышеупомянутым. Но следует согласиться с тем, что авторам тестовых заданий следует использовать только те слова, которые не допускают различных интерпретаций при анализе.

Запятая не требуется: Для этого необходимо перейти на другие, более высокоэнергетичные фотоны, которые через данный слой плазмы могут пробиться. Сочетание более высокоэнергетичные — это пояснительное согласованное определение, оно не выделяется, а только отделяется от поясняемого определения запятой.

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

Зависимое слово одинаково не является основанием для раздельного написания (так как, по сути, подчеркивает утверждение): иски одинаково необоснованны, приходят одинаково неготовыми.

Верно: иски одинаково необоснованны, приходят одинаково неготовыми.

Абсолютных синонимов в языке практически не существует (см. языкознание и языковедение).

Большой толковый словарь русского языка

ТЕНДЕНЦИЯ [тэ; дэ], -и; ж. [нем. Tendenz из лат. tendere - стремиться, направляться]. (чего, к чему). 1. Направление развития, определённая склонность, стремление к чему-л. (общества, экономики, культуры и т.п.). Главная, основная т. Т. к росту, к снижению показателей. Общая т. образования. 2. Направленность во взглядах или действиях; основное намерение, свойственное кому-, чему-л. Демократические, консервативные, социальные тенденции литературы. Сепаратистские тенденции. Тенденции нового правительства. Т. к объединению. Обнаружилась, наметилась т. к чему-л. 3. Книжн. Предвзятая, пристрастная мысль, навязываемая читателю, зрителю, слушателю. Назойливая т. Идея произведения превратилась в тенденцию.

ЗАКОНОМЕ́РНОСТЬ, -и, ж. Обусловленность объективными законами; существование и развитие соответственно законам (в 5 знач. Признание объективной закономерности природы и приблизительно верного отражения этой закономерности в голове человека есть материализм. Ленин, Материализм и эмпириокритицизм. || Логически обоснованная последовательность, регулярность чего-л.

ЛЕГИТИМНЫЙ, -ая, -ое; -мен, -мна, -мно. [от лат. legitimus - законный, правомерный] Законный. Л-ая власть. 

ЛЕГАЛЬНЫЙ, -ая, -ое; -лен, -льна, -льно. [лат. legalis] Признанный, разрешаемый законом. Л-ая партия. Л-ая печать. Л-ое положение. // Использующий допускаемые законом возможности, основанный на использовании их. Л-ая форма борьбы. ◊ Легальный марксизм. Идейно-политическое течение (в последнее десятилетие 19 в.) части российской буржуазной интеллигенции, пытавшейся использовать для обоснования развития капитализма в России отдельные положения экономического учения К. Маркса. <Легально, нареч. Л. издавать газету. Легальность, -и; ж. Л. положения.