Ваш вариант пунктуации возможен.

Правильная пунктуация: Значительно сложнее судьба теории самоорганизации и синергетики в общественных науках, и в частности в экономике.

Для постановки запятых нет оснований, верно: У моих учеников после занятий существенно повышается уровень знаний.

В этом случае возможна двоякая пунктуация, в зависимости от того, намерен или нет говорящий придать имени собственному характер пояснения: Вот уже много лет в нашем городе, Белокамске, действует запрет на курение в общественных местах; Вот уже много лет в нашем городе Белокамске действует запрет на курение в общественных местах.

Запятая нужна: Не нужно забывать, что классические стандарты красоты меняются во времени, и весьма существенно.

Употребляется.

Большой толковый словарь

Надстройка - в марксизме - одна из двух составных частей общественно-экономической формации; совокупность общественных отношений, форм общественного сознания и учреждений, которые порождаются базисом и содействуют его укреплению.

Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.