Можно называть все иерархически подчиненные элементы перечня подпунктами, но при этом в каждом случае при ссылке на них нужно указывать точное название такого подпункта.

Вы совершенно правы! Корректны варианты: Аммиак (ядовитый сжиженный газ); Аммиак — ядовитый сжиженный газ; Аммиак, сжиженный газ, ядовито и т. п.

Логика та же, корректно писать без кавычек.

После ц для передачи ударного гласного о пишется буква о, в безударном положении после ц пишется буква е. Если в фамилии Лисица ударение на и (как в нарицательном существительном лисица), то верно: Лисицей. Если же в фамилии ударение падает на последний слог, то верно в творительном падеже: Лисицой (ср.: пыльца – пыльцой).

Вероятно, Вам могли рассказывать о предположительной этимологии фамилии, описанной в словаре «Русские фамилии» Ю. А. Федосюка: 

МУСОРГСКИЙ. Родоначальником знаменитого композитора М. П. Мусоргского был Роман Васильевич, по прозвищу Мусoрга. В фамилии ударение изменилось. «Мусyргос» по-гречески – певец, музыкант. Не отсюда ли прозвище предка, как нельзя лучше оправдавшее себя в фамилии потомка?

Возможная логика написания с прописной – как название исторического события. Отметим также, что это слово в современной публицистической речи может употребляться как синоним слова геноцид, т. е. по отношению к разным этническим, религиозным или социальным группам. Возможно, словарь, о котором Вы говорите, разводит по значениям: Холокост – как обозначение массового уничтожения евреев в годы Второй мировой войны (историческое событие) и холокост как синоним слова геноцид. Такая логика имеет право на существование. Но при этом в большинстве словарей зафиксировано написание слова холокост строчными.

Между частями сложносочиненного предложения ставится запятая, в том числе если они соединены союзом и: Солнце зашло, вино выпито, и задание тоже выполнено.

Запятую ставить не надо: Я ведь всего несколько дней как приехал. Запятая перед союзом как оторвала бы сказуемое от подлежащего.