Словосочетание общая сумма не является тавтологией. Тавтология — это неоправданное соседство однокоренных слов (например, *суммарная сумма). Общей суммой вполне можно назвать сумму предыдущих сумм. Например, суммы чисел 2 и 2 и 3 и 3 дают общую сумму 10. 

Правильно писать «Прошу предоставить отпуск в количестве 42 календарных дней».
 

Верно: 161 единица. Но предложение требует правки.

Слова в количестве 3 шт. запятыми не выделяются. Количественные числительные (3 шт.) пишутся без наращений.

На согласование счетного оборота со значением определенного количества со сказуемым влияет множество различных факторов. В приведенных контекстах возможно согласование и в ед., и во мн. числе. Ср. примеры из справочников: В университете учится 28 тысяч студентов и Сто наших студентов отправятся в этом году на стажировку за рубеж. Особенности согласования с подлежащим – дробным числительными в справочниках не описаны, поэтому можно руководствоваться такими общими рекомендациями. Форма ед. числа подчеркивает общее количество лиц, совокупность предметов, указывает, что они испытывают какое-то воздействие, состояние; ед. число сказуемого акцентирует внимание на количестве предметов или лиц, о которых идет речь. При форме мн. числа выделяются считаемые лица и предметы как производители действия, подчеркивается отдельность предметов или лиц, указанных в подлежащем, раздельность совершения ими действия.

В предложении В 2016 г. при вузах функционировало 2 354 малых предприятия, соданнЫХ/ЫЕ в форме хозяйственных обществ и партнерств возможны обе формы причастия. В справочниках указано, что определение (обычно обособленное), стоящее после счетного оборота с числительным 2, 3, 4 или оканчивающимся на 2, 3, 4, чаще ставится в форме им. падежа мн. числа, однако форма род. падежа не запрещается. 

Такое употребление возможно в разговорной или профессиональной речи.

1. Да, склоняется. 2. Верно: ограниченно.

Запятая перед союзным словом какие не нужна, так как придаточное предложение усечено до одного только этого союзного слова.