Вы правы, верное написание: директор центра внешкольной работы "Надежда".

Подобный случай действительно нелегко найти в справочниках. И всё же он там упоминается — в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:
Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы:
— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.

В примере из справочника прямая речь заканчивается восклицательным знаком, но полагаем, что аналогичным образом можно поступать и с точкой:
— А-а, ничего особенного. — Он изящно взмахнул рукой. — Я и не жаждал туда вступать…

Единственный способ разрешения этой дилеммы, который мы можем предложить, — не помещать слова типа α-белок в начало предложения. 

Предпочтительно: слились, но допустимо и слились (от контекста это не зависит).

В приведенных репликах слова «почти» и «какая-то» представляют собой цитаты из реплик собеседника, поэтому их действительно нужно заключить в кавычки.

Орфографический академический ресурс «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН фиксирует: 

на «ты́» (бы́ть с кем-, чем-н.)

на «вы́» (бы́ть с кем-н.); иду́ (идём) на вы́

Разнобой в ответах устранен. Правильно написание в кавычках.

В слове понять корень с чередованием я/им, ср.: понятый, понятный, понимать, понимание. Исторически по- является приставкой, при более этимологичном подходе к морфемному членению ее выделяют и сегодня, сопоставляя слова понять, понимать и унять, унимать, внять, внимать.

Для корней с чередованием а(я)/им/ем и а(я)/ин в орфографии есть правило. Его можно прочитать, например, в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно найти множество слов с той же орфограммой. 

Это слова имеют разные значения, они не синонимичны.

ПРОЧИТЬ, -чу, -чишь; нсв. кого-что. Разг. Заранее предназначать, предположительно определять. Ей прочат блестящее будущее. Брата с детства прочили в военные. На его место прочат новенького. Её прочат замуж за метрдотеля. Прочиться, -чится; страд.

ПРОРОЧИТЬ, -чу, -чишь; нсв. (св. напророчить). что. Предсказывать, предвещать. Тебе пророчат большое будущее. Говорят, звёздный дождь пророчит счастье.

Этимология у них также различна. Пророчить образовано от пророк (это калька с греческого προφήτης «прорицатель», буквально «говорящий будущее»), а прочить — исконно славянское, сууффиксальное производное от прок «остаток». 

ПОДВИ́НУТЬ, -ну, -нешь; подви́нутый; -нут, -а, -о; св. кого-что. 1. (кому-чему, к кому-чему). Несколько, немного придвинуть или передвинуть. Подвинь стол! П. к жене тарелку. // Подвинуть, переместить в сторону. С грохотом п. стул. 2. Разг. Продвинуть немного вперёд в каком-л. отношении, содействовать развитию, совершенствованию чего-л. Существенно п. дело. П. дело вперёд, далеко. Далеко п. свои воспоминания. 3. Устар. Побудить, склонить к совершению чего-л. П. друга на сострадание. П. себя на поездку в деревню. Подвига́ть, -а́ю, -а́ешь; нсв. Подвига́ться, -а́ется; страд. Подви́жка (см.).

ПОДОДВИ́НУТЬ, -ну, -нешь; св. Немного, поближе придвинуть.