Глагол взлюбить в прошлом осмыслялся как вполне самостоятельный, он мог употребляться без отрицания не. Приведем пример из «Словаря русского языка XVIII века»: Вскорѣ сердечно взлюбил меня, и-мнѣ-Книги давать стал На утѣшение мнѣж, притом и начал-звать Чадом (Тилемахида или Странствование Тилемаха сына Одиссеева описанное в составе ироическия пиимы Василием Тредиаковским. СПб., 1766).

В первой половине ХХ века словари уже отмечают, что взлюбить употребляется только с отрицанием, и фиксируют орфографическую практику, отражающую переход к слитному написанию с не. Так, «Толковый словарь русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (1935–1940) и семнадцатитомный «Словарь современного русского литературного языка» (1950–1965, далее — БАС) включают и статью взлюбить (БАС, 2-й том, 1951 г.) с примерами раздельного написания с не, и статью невзлюбить (БАС, 7-й том, 1958 г.). Причем в БАС в статье невзлюбить раздельное написание охарактеризовано уже как устаревшее.

Словари второй половины ХХ – начала ХХI века статью взлюбить уже не дают (в том числе третье издание БАС), в них фиксируется только слитное написание — невзлюбить. При этом в современной литературе встречаются единичные употребления глагола взлюбить без не.

Выделять запятыми союз в том числе не нужно: которая зависит в том числе от заказчика.

Присоединительные обороты, начинающиеся союзом в том числе, обособляются: ...проведение дополнительных исследований, в том числе токсикологического.

Правильно: виноват в чем (в том, что проблемы в энергетике; в том, что прошли тайфуны).

Корректно: проверят случай со взорвавшимся домом (с домом каким?). Ср.: о взорвавшемся доме (доме каком?). 

Возможны варианты: изделий... в том числе печенья, пряников, конфет; изделий... в том числе печенье, пряники, конфеты.

Правильно: притом, союз (он работает и притом учится), но местоим. при том (при всём при том).