Из сообщения, что дедлайн по задаче 1 октября, однозначно не следует, какой день — 30 сентября или 1 октября — является последним для выполнения задачи. Для устранения неоднозначности нужны иные формулировки.

Если это предложение из текста, то уместно тире: Возьми вот эту штуку. Цена — 50 рублей (это тире между подлежащим цена и именным сказуемым 50 рублей).

Двоеточие будет уместно, если перед нами список характеристик товара, например:
Материал: пластик
Вес: 20 г
Цена: 50 руб.

В выражении «процент загруженности должен быть не выше 10 %» тавтология действительно присутствует. Можно переформулировать фразу. Например: 1. Загруженность не должна превышать 10 %. 2. Процент загруженности не должен быть выше 10.   

Да, именно так.

Трудовой кодекс не регламентирует правила русского языка. Мы считаем, что в этом случае в Трудовом кодексе допущена речевая ошибка.

Корректно: Наша компания осуществляет лицензированный вывоз отходов I, III, IV классов опасности. Деятельность по сбору, транспортированию, обработке, утилизации, обезвреживанию, размещению отходов I–IV классов опасности подлежит лицензированию согласно Федеральному закону № 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности". Компания "Золушка" осуществляет деятельность на основании лицензии, выданной Федеральной службой по надзору в сфере природопользования: серия 78 № 00139 от 05 февраля 2016 г. (бессрочно).

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.