1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

См. ответ на вопрос № 270206.

Возможны два варианта оформления. Без прямой речи: Он поздоровался и сказал спасибо. И с прямой речью: Он поздоровался и сказал: «Спасибо».

Согласно словарям, одно из значений слова температура в непринужденной разговорной речи — "повышенная температура". Поэтому выражение нет температуры корректно, но его употребление ограничено разговорной речью.

Верно с двумя Н: продуманно.

Запятая нужна.

Слово говорение, согласно "Большому толковому словарю", может обозначать процесс по глаголу говорить в трех значениях: "пользоваться, владеть устной речью; обладать способностью речи"; "выражать словесно мысли, мнения, сообщать"; "вести беседу, разговаривать".

Да, такой вариант, безусловно, лучше.

Верно: наклеить обои, оклеить (помещение) обоями, а также наклейка обоев, оклейка обоями.

Правильно: в продолжение.

Правило о написании местоимения Вы с прописной буквы при обращении к одному лицу не является строго обязательным. Оно применяется по желанию пишущего: если автор текста хочет подчеркнуть уважительное отношение к человеку, он пишет Вы с прописной. Но и написание со строчной вполне возможно: обращение к человеку на вы само по себе является уважительным.