Этот словарь составляла Т. Ф. Ефремова. Подобные значения зафиксированы и в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. В нём приводятся такие примеры: Зыбь на озере. Зыбь осеннего поля. Рожь подёрнулась зыбью. Смиренный парус рыбарей... Скользит отважно средь зыбей (А. С. Пушкин).

Как видите, точка зрения авторов словарей подкреплена примерами в том числе из русской классической литературы, поэтому к мнению авторов следует прислушаться.

В образцовом литературном языке верно: в Кемерове, в Шереметьеве, в Ленине. В непринужденной устной речи названия допустимо не склонять. Разница между этими названиями и названиями типа Осло, Торонто в том, что Осло и Торонто – названия иноязычные (и они не склоняются), а Кемерово,  Шереметьево, Ленино – названия с нашими исконными, славянскими финалями.

Как ни странно, прилагательное близкий - непроизводное (исходное), поэтому к- - это часть корня. Существительное близь ("то, что близко") - производное, образовано от прилагательного с усечением основы. С прочими приведенными Вами примерами такая же ситуация.

Обычно имена в кавычки не заключаются: В этой компании меня всегда называли Маша. Впрочем, в приведенном контексте слово Маша представлено как принадлежащее чужой речи, что делает кавычки уместными: А я всё нашу Марию не могу начать называть «Маша»; Но отличие в том, что я её никогда не называла «Маша».

Обратите внимание, что в данном случае перед как не нужна запятая, поскольку сравнительный оборот тесно связан со сказуемым: ощущает себя как в офисе.

В этом предложении следует использовать оборот не представляется возможным. Выбор глагола представляться обусловлен смыслом предложения: как представляют себе ситуацию авторы текста, возможность выполнить обсуждаемое действие отсутствует. Выражения предоставлять возможность, не предоставляется возможности синонимичны оборотам дать возможность, не дается возможности, а следовательно, подразумевается совершенно иная по своей сути ситуация (вполне вероятно, такая, когда кто-то в состоянии содействовать организации нужной работы).

Вы привели в качестве примеров сложные предложения. Если речь идет о таких случаях, то пунктуация зависит не от повтора слов, а исключительно от строя предложений, отношений между их частями, а также от интонации.

Такое употребление корректно. На слух - так себе, но ошибки нет.

Запятая нужна.

В этом высказывании два разнотипных вопроса, и каждый из них нужно оформить в отдельное предложение: Отчего же нам, простым людям, не могут сказать? Или сами не знают, почему всё это происходит на земле?