Да, кавычки уместны. Они помогут подчеркнуть, что название главы является прямой речью или цитатой, а не авторским текстом. 

Верно: подтвердил четыре места работы, шесть мест работы.

Название документа должно склоняться: в соответствии с «Порядком...».

Запятая нужна. Безличную конструкцию "мне приходится" нужно заменить на двусоставную (например, "я должен").

Вот что говорится по этому поводу в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация»:

Если вводное словосочетание образует неполную конструкцию (пропущено какое-либо слово, восстанавливаемое из контекста), то вместо одной запятой обычно ставится тире: Макаренко неоднократно подчёркивал, что педагогика основана, с одной стороны, на безграничном доверии к человеку, а с другой — на высоких к нему требованиях; Чичиков велел остановиться по двум причинам: с одной стороны, чтобы дать отдохнуть лошадям, с другой — чтобы и самому отдохнуть и подкрепиться — запятая перед придаточной частью «поглощается» тире; С одной стороны, важно было принять срочное решение, но требовалась осторожность — с другой.

Тире не ставится, если по условиям контекста в месте пропуска слова необходима постановка запятой: С одной стороны, дисциплина в школе явно улучшилась, а с другой, по-видимому, предстоит ещё немалая работа по её укреплению.

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

Если эти сокращения используются по всему тексту, они могут стоять и в начале предложения.