В этом случае прямой речи нет, кавычки не требуются.
Рекомендуем писать оба слова в кавычках: «умный город».
Слова золото, серебро, бронза в значении "золотая, серебряная, бронзовая медали" в кавычки не заключаются: В абсолютной категории по пауэрлифтингу золото завоевал Иванов, серебро — Петров, бронзу — Сидоров.
1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».
Если официальное название лекарства употребляется с родовым словом (лекарство, препарат и т. д.), то оно пишется в кавычках с большой буквы и не склоняется: Применение препарата "Флемоксин".
Название категории следует писать в кавычках с большой буквы: ...в категории "Замороженные полуфабрикаты".
При отсутствии согласования кавычки нужны. Но лучше согласовать: ...союза науки и промышленности.
Кавычки не требуются.
В таком случае предпочтительно использовать кавычки разного рисунка: ООО «Косметическая фирма "Солнышко"». Если по каким-то причинам это невозможно, допустимо писать: ООО "Косметическая фирма "Солнышко". Кавычки одного рисунка рядом не повторяются.
Правильно: не "Анну..." ли "...Каренину" вы читаете? Не "Времена..." ли "...года" вы слушаете?