Правильно: в Ельце, в городе Ельце.
Корректно: ...более чем в два миллиона.
Правильно: в Красноярске и (в канцелярской речи) в городе Красноярске.
Нам не удалось вспомнить случаев, где Москва как название города не склонялось бы.
Правильно со строчной: глава города.
Корректно: в городе Шуе.
Правильно: к Афинам; в сочетании с родовым словом – к городу Афины. Географические названия, употребляемые в сочетании с родовым словом, обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме множественного числа.
Нормативно: города Октябрьского. В официально-деловой речи географические названия в сочетании с родовым словом часто остаются несклоняемыми (вопреки литературной норме).
1. О рисунке кавычек читайте в "Письмовнике" на нашем портале.
2. Корректно: инфраструктура Москвы, Ярославля, Петрозаводска. Допустимо в канцелярской речи: ...города Москвы, города Ярославля и т. д.