Правильно с прописной буквы.
Трудно судить о правильности по отдельным фрагментам. Нужно видеть более обширный контекст.
Нежелательно повторение в одном предложении знака тире, когда знаки ставятся на разном основании. Тире может повторяться только в равнозначной позиции. Поэтому первое тире лучше заменить на запятую: Владимир Евгеньевич родился 30 сентября 1968 г. в Архангельске, на родине крупнейшего отечественного мыслителя и основоположника науки — Михаила Васильевича Ломоносова.
Запятые не требуются.
Сомнения вызывает оборот Начиная Михаилом Фёдоровичем и заканчивая расстрелом (начало периода обозначается именем человека, а финал — событием). Возможно, будет лучше сказать: С начала правления Михаила Федоровича и до расстрела Николая II...
У имени Михайло все формы, кроме именительного падежа, образуются по образцу женского рода (как если бы исходная форма была Михайла): у деда Михайлы, с дедом Михайлой.
Предпочтительна форма единственного числа сказуемого. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
