Указанные запятые не нужны: Впрочем, игнорирование пускай бывшего, но тренера было бы полным хамством.

Знаки препинания расставлены верно.

Правильно: Выберите, с кем вы хотите отдохнуть.

Корректно: При этом типе рака пересадка печени — единственный выход.

Корректно: Это был обманчивый заголовок: два предложения о Фрэнкене, а остальные — про сессии и Трампа.

Корректно: Братья, не ругайте меня, потому что, ругая, вы не отнимете то, что я уже сделал для Господа, и не хвалите меня, потому что, хваля, вы не добавите к тому, что я сделал ради Господа.

Нет хорошей комбинации знаков препинания, чтобы без искажений передать на письме эту устную фразу (и это показывает, что письменная форма языка – не просто перекодировка устной речи, а особая подсистема языка со своими специфическими средствами выражения). Если поставить в конце точку, то предложение будет восприниматься как сложноподчиненное повествовательное. Если поставить знак вопроса, то предложение станет вопросительным в целом и приобретет странный смысл: говорящий спрашивает, забыл ли он чей-то номер.

Знаки препинания нужно расставить так: Думаю, мы должны признать, что сердцееды в определённой степени обаятельные и, должно быть, имеют хорошие манеры. 

В этом изречении достаточно поставить запятую: Война войной, а обед по распорядку.

Что хочется – это неполное придаточное предложение, как и в примере Женится, на ком захочет. Неполные придаточные нужно отличать от цельных по смыслу выражений, которые не обособляются. Ср.: Пусть наполнится радостью дом и что угодно произойдёт! 

Если придаточная часть находится после сочинительного союза, то рядом оказываются два союза или союз и союзное слово. В таком случае запятая между союзами ставится или не ставится на основании особых правил. Запятая ставится, если придаточную часть можно переставить в другое место предложения. В нашем случае такая перестройка возможна: ...и произойдет, что хочется.